Una cripta para los Decepticons y un mausoleo volador para los Autobots son hechos. Cyclonus y Scourge encuentran a Galvatron y los Decepticons surgiendo de nuevo. Los aliens de cinco caras, ahora descubiertos son los descendientes (y un poco originales) de los Quintinsons, comienzan a estudiar el redescubrimiento de los Transformers y de sus aliados orgánicos, los humanos. Los Quints tratan todo desde viajes del tiempo para lavar el cerebro para recuperar su planeta fabricado, Cybertron.
Todos las otras Autobots femeninas aparte de Arcee son presumidas muertas.
Los Autobots y Decepticons viajan a través de la galaxia, usando puentes transdimensionales aliens, su plasma de transmisión estelar, y otras tecnologías.
Los Decepticons crean Tripicon, haciendo un rival para el Autobot Metroplex.
Los Quintisons construyen sus propios Transformers, llamándolos Horrocons, a fin de luchar contra los Transformers Cybertronianos. Ellos destruyen su propio hogar adoptivo, el planeta Quintessa, en un intento de asesinar a Rodimus Prime. Los Quints tratan de activar un dispositivo de seguridad dentro de cada y todos los robots hecho por los Quintisons, pero son detenidos por el humano Spike.
Rodimus comienza a experimentar con la Matriz, tratando de descubrir su uso.
Un ganster en la Tierra convence a Snake, un terrorista retirado, para usar tecnología synthoid para transferir los Autobots a cuerpos humanos, los cuales son mas fáciles para asesinar. Su conspiración para usar los cuerpos de los Autobots es frustrada por los mismos synthoids. Snake escapa.
Grimlock sufre un incremento mental, el cual usa para crear los Technobots. Grimlock entonces regresa a la normalidad.
Los Autobots liberan un sistema estelar de un "Cerrojo de cuadrante" Quintison que guarda la entrada al sistema en un cavidad especial de espacio- tiempo. La razón detrás del confinamiento era guardar una raza de personas telepaticas que progresaban para salir al espacio.
Los Quintison usan una "ventana del tiempo" para tomar a Alpha Trion de el pasado y así que la Primera Guerra Cybertroniana nunca suceda, y ellos retornar al poder. Los Autobots intervienen, y el plan falla.
Un planeta Autobot en una cavidad del espacio-tiempo es descubierta por Cyclonus. El planeta esta lleno de Autobots no Transformadores que trataron de escapar de las guerras. Cuando Galvatron llega, ellos vuelan el planeta para prevenir que el lo use.
El fantasma de Starscream, liberado inadvertidamente de sus restos por Octane, posesiona uno de los Sweeps, y trata de conseguir su cuerpo de regreso y también destruir a Galvatron. Starscream también ayuda a la cabeza de Unicrom para usar a Cybertron como un nuevo cuerpo, pero lo traiciona en el ultimo momento. La ultima noticia que Starscream tuvo de el en un nuevo cuerpo pero lanzado fuera del control de Cybertron.
Primacrom trata de capturar a Cybertron de nuevo, esta vez usando un ser de Energía que el creo. El ser de Energía absorbe la Energía de casi todos los Transformers, efectivamente asesinándolo. El antiguo asistente de Primacrom se propone a encontrar los "primitivos' Transformers y guiarlos para destruir la criatura de Energía. Grimlock, el ultimo Transformer, se propone a estallar dentro del laboratorio de Omicron justo cuando la criatura de Energía se rebela y tratar de comer a Primacron. Grimlock hace que Primacron invierta la razón de existencia de la criatura de Energía (en cambio de absorber Energía la dé de regreso) y reanimando los otros Transformers. Primacron fervientemente conviene en para de hacer agentes. Grimlock deja sin valor el laboratorio de Primacron en algún lugar, justo para hacer diversión.
