Sekolah Kebangsaan Mersing Kanan ini mula ditubuhkan pada tahun 1937. Ia merupakan sekolah tertua di Daerah Mersing. Penduduk di sekitar yang menyedari perlunya sebuah sekolah didirikan telah bergotong royong untuk membina sekolah dengan perbelanjaan sendiri. Ia adalah sebuah bangunan kayu mengandungi 4 bilik darjah. Bangunan asal yang dibina pada waktu itu masih kekal digunakan hingga ke hari ini.

Pada tahun 1972 sekolah ini mendapat bangunan tambahan iaitu blok dua tingkat yang mengandungi 6 bilik darjah, perpustakaan, bilik guru dan pejabat. Dengan adanya bangunan tambahan ini masalah kekurangan bilik dapat diatasi.

Pada tahun 1974 sekolah ini dicantumkan dengan Sekolah Kebangsaan Bandar Mersing. Sekolah ini hanya menjadi sekolah cawangan kepada Sekolah Kebangsaan Bandar Mersing. Hanya murid Tahun satu hingga tahun 3 sahaja ditempatkan di sekolah ini. Selepas itu murid-murid melanjutkan pelajaran di Sekolah Kebangsaan Bandar Mersing. Pada 1 Januari 1991 sekolah ini kembali kepada status asalnya sebagai sebuah sekolah di bawah pentadbiran berasingan dan menggunakan nama asal Sekolah Kebangsaan Mersing Kanan.

Sebilangan besar murid-murid di sekolah ini adalah datang dari masyarakat nelayan yang tinggal berhampiran seperti Kampung Mersing Kanan, Kampung Tanjung, Kampung Air Merah dan Kampung Sri Lalang. Selain daripada itu ada juga murid-murid yang datang dari kalangan ibu bapa yang bekerja sebagai kakitangan kerajaan dan swasta.

Sekolah ini telah melahirkan ramai pelajar-pelajar yang berjaya, di antaranya Dr. Usman Awang, Tokoh Sasterawan Negara; En. Yaakub Ahmad, bekas Menteri Alam Sekitar Republik Singapura; Dato' Abdullah Abbas, bekas Pengarah JKR Negeri Kedah dan En. Ismail Leman, bekas Pengarah Kaji Bumi Negeri Johor.

Pada tahun 1994 Sekolah Kebangsaan Mersing Kanan telah dijadikan sebagai sekolah anak angkat kepada Dr. Usman Awang, Tokoh Sasterawan Negara.