Al implantarse la Transformación Educativa en la provincia de Córdoba, el Instituto que fue tradicionalmente un Bachillerato, adoptó, de las tres orientaciones posibles, la de Humanidades y dentro de ésta, la especialidad "Ciencias Naturales". A esto se llegó luego de encuestar a docentes, alumnos, padres y miembros de la comunidad de Balnearia. En sucesivos talleres de docentes, se determinó que los tres ejes principales de las asignaturas que conformarían los campos de la "Formación Especializada" y la "Práctica Especializada" serían Ecología, Salud y Laboratorio. Sobre estos tres aspectos se diseñaron los contenidos curriculares de las asignaturas de esos campos de formación. Hoy, entre los proyectos específicos de la especialidad, se encuentran los relativos a "Análisis de aguas de Balnearia", "Pasantías en el Dispensario Municipal", "Tratamiento de residuos en la población" y varios más.
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