La primitiva construcción de la iglesia de San Juan fue hecha bajo el patrocinio del Ilmo. Fray Cristóbal de la Mancha y Velazco, para el servicio de los naturales, en 1654; hasta que un vecino adinerado, el Sr. Juan Bautista de San Martín, ofreció a la Curia construir un templo nuevo, pues el existente entonces, amenazaba derrumbarse. Para la nueva iglesia fueron utilizados los restos de la antigua y las limosnas y donativos de los creyentes.

La primitiva iglesia fue construida en 1719, gracias a la donación del Maestro de Campo de Milicias Don Juan de San Martín y se la reedificada totalmente a partir de 1769 para ser terminada en 1797.

Inicialmente funcionó como Iglesia para Curato de Indios, pero luego pasó a ser parte del Convento de las Monjas Capuchinas, llegadas a Buenos Aires en 1747.

Esta iglesia alberga el sepulcro de Don Pedro Melo de Portugal y Villena, quinto Virrey del Río de la Plata. En el patio de la casa parroquial, llamado "Patio de la Reconquista", están enterrados los combatientes de las Invasiones de 1806 y 1807, tanto patriotas como ingleses invasores

La iglesia es de nave única, cubierta por una bóveda de cañón corrido; sobre el transepto se alza una gran cúpula ciega.

Se conserva aún la capilla privada desde donde las Capuchinas escuchaban misa.

El retablo del altar mayor, del siglo XVIII, fue dañado en los incendios de 1955. Al restaurarlo, treinta años más tarde, se separó la mesa para oficiar la misa de cara al pueblo.

En la composición de la fachada, realizada en 1895 por J. M. Belgrano en líneas neorománicas y posteriormente rehecha por Rómulo Ayerza (el mismo que diseñó el sagrado Corazón), se destaca el gran arco central con rosetón y vitrales, coronado por un frontis con pequeños arcos pensiles. La flanquean torres asimétricas, distintas en tamaño, forma y altura.

Hoy es un templo de líneas severas y clásicas, ubicado en la esquina de las calles Alsina y Piedras. Por su cercanía con la calle del Rosario (Venezuela), la calle más central y mejor edificada de aquel entonces, era punto de reunión para los miembros de las familia de abolengo.

Se oficiaba en ella la misa hasta la una de la tarde. A esta última Misa concurrían los domingos y días de fiesta, las personas de mejor posición social, que sin previo aviso, por acuerdo tácito, se daban cita en el atrio de San Juan, San Ignacio, o en la misma Catedral.

Los recuerdos sobre el templo de San Juan son más abundantes y más precisos desde la llegada (1749) a Buenos Aires, procedente de Santiago de Chile, de un grupo de monjas capuchinas, que debía ocupar el convento de San Nicolás de Bari, situado entonces en las afueras de la ciudad: donde hoy se encuentra el Obelisco. El arribo de este primer grupo de monjas constituyó todo un acontecimiento en Buenos Aires. El mismo Cabildo Eclesiástico salió a recibirlas fuera del perímetro de la ciudad y se cantó un solemne Te Deum. Poco tiempo permanecieron en el convento de San Nicolás de Bari. La excesiva distancia que las separaba del resto de la población y el mal estado de los caminos hicieron que permutaran ese convento por el que construyó junto al templo, el Sr. Juan Bautista de San Martín.

En 1778, la vieja iglesia de San Juan fue completamente demolida para levantar sobre el mismo lugar un nuevo edificio, que se terminó de construir en 1797. Con el agregado de las torres y reformas en el frente e interior del edificio, es el templo actual.

La Iglesia de San Juan Bautista fue declarada "Monumento histórico" por decreto del Poder Ejecutivo del 21 de mayo de 1942. Adyacente a la iglesia se encuentra el patio llamado de "los Capellanes" que ostenta en su centro una estatua de Santa Clara, porque a su mediación se atribuyó la "Reconquista" de Buenos Aires (1806). Afirma una tradición auténtica que Liniers, el 12 de agosto, antes de emprender la lucha contra el invasor inglés concurrió a la iglesia de San Juan, con un grupo de patriotas, para invocar la protección de Santa Clara cuya fiesta celebraban en ese día sus hijas espirituales. Días antes había encomendado a las oraciones y sacrificios de la Comunidad el triunfo de las armas patriotas. Como la victoria se consiguió en la festividad de la Santa, el Cabildo de Buenos Aires declaró a Santa Clara, Patrona menor de la Ciudad. En ese histórico patio fueron sepultados los heroicos patricios que sucumbieron en las jornadas de la Reconquista y de la Defensa.

Es tradicional en la iglesia de San Juan. Todos los días, numerosos fieles acuden a venerar la imagen del Nazareno, a veces trayendo flores como ofrenda.

San Juan fue una de las iglesias incendiadas en la tarde del 16 de junio de 1955. De la artística talla del Nazareno, sólo quedó la cabeza calcinada. La actual imagen del Nazareno, copia de la primitiva, se debe a una generosa donación del Sr. Alberto Blaquier.

Refiere la tradición que la imagen del Nazareno se encontraba - hace más de siglo y medio- en una casa de la calle Alsina. Sus propietarios, que ignoraban su valor artístico, la tenían abandonada en un altillo. Una anciana esclava morena, antes de entregarse al sueño, solía rezar todas las noches ante la imagen y se lamentaba del abandono en que los dueños de casa dejaban a su Dios. "¡Ah, Señor!", le decía una noche, "si yo tuviera posibles, no estarías tan abandonado". En el acto oye una voz que, dirigiéndose hacia ella, parecía salir de los labios entreabiertos del Nazareno. La sirvienta se turba, tiembla, le parece soñar. Serenándose, al mirar a su Dios, escucha en silencio y percibe distintamente estas palabras: "Diles a tus amos que me lleven a la iglesia de San Juan para que allí me den el debido culto". Atemorizada la pobre morena nada contesta al Señor, ni habla del acontecimiento a sus amos. Como en otra ocasión se repite la misma orden, la pobre esclava dice a la voz celestial: "No me creerán a mí, Señor, que soy la sirvienta de la casa". Y otra vez habló el Nazareno: "La garantía de tu testimonio será la siguiente: morirás en el término de ocho días". La morena cumplió con el divino mensaje y murió a los ocho días.

La familia obedeció la orden del cielo. La imagen del Nazareno, llevada en procesión a la iglesia de San Juan, fue colocada en el nicho central del altar mayor. En 1877, se la puso en el lugar que tiene actualmente, para estar más cerca de la devoción de los fieles.

La residencia de San Juan es actualmente la Casa Provincial de los Padres del Sagrado Corazón de Jesús de Betharram, para Argentina y Uruguay.

Monseñor Escalada nombró Capellán de la iglesia y confesor de las Monjas Clarisas al Padre Pedro Sardoy. Acompañado por los P.P. Simón Guimón y Luis Larrouy y el Hno. Fabián, conformaron la comunidad betharramita.

Los sacerdotes que, en el transcurso de más de un siglo, desempeñaron el cargo de Capellán de la Iglesia y del monasterio de las Clarisas, ejercieron su sagrado ministerios con admirable celo apostólico; especialmente el ministerio de la reconciliación. Muchos de ellos merecen una mención especial. De todos estos beneméritos capellanes, es justo recordar al Rvdo. Padre Francisco Laphitz que -al fallecer el Padre Sardoy, en un viaje que hiciera a Francia en 1875- fue nombrado por Monseñor Federico Aneyros, capellán de la iglesia y confesor de las Clarisas.