הצ'רקסים בימי קדם האמינו באלים שונים ובעיקר בכוחות העל טבעיים, כמו אל השמש, אל הברק, הרוחות, כוכבי הלכת וינוס, נוגה ואחרים

אחרי המאה הראשונה לספה"נ התחילו להגיע מסיונרים יוונים לקווקז ונוצרו קשרי מסחר בין הצ'רקסים ליוונים וכך לאט לאט הצ'רקסים התנצרו

בשנת 1721 חלק מהצ'רקסים התאסלמו כאשר החאן הטורקי דאולת גיראי כפה עליהם את האיסלאם בכוח הזרוע

יתר הצ'רקסים התאסלמו במאה שעברה כאשר עזבו את הקווקז ורצו להיכנס לתחומי האמפריה העותמנית. למרות שהיא עודדה את הצ'רקסים להגיע אליה היא התנתה את כניסתם בזה שהם מתאסלמים

היום רוב רובם של הצ'רקסים הם מוסלמים סונים, נשאר מיעוט קטן בצפון הקווקז נוצרים, אלה שלא עזבו את הקווקז בזמנו והאיסלאם לא הגיע אליהם