Após a Igreja Cristã ter sido formada e haver adquirido poder, os costumes dos Pagãos foram vistos como uma ameaça ao sistema religioso recentemente estabelecido, e a adoração aos deuses da religião Antiga foi banida. Os antigos festivais foram superados pelos novos feriados religiosos da Igeja, e os antigos deuses da natureza e da fertilidade, transformados em terríveis e maléficos demônios e diabos. A Igreja patriarcal chegou até a transformar várias deusas pagãs em diabos masculinos e maus não somente para corromper as deidades da Religião Antiga como, também para apagar o fato de o aspecto feminino ter sido um objeto de adoração.
No ano 1233, o Papa Gregório IX instituiu o Tribunal Católico Romano conhecido como Inquisição, numa tentativa de terminar com a heresia. Em 1320, a Igreja (a pedido do Papa João XXII) declarou oficialmente que a Bruxaria e a Religião Antiga dos Pagãos constituíam um movimento herético e uma "ameaça hostil" ao Cristianismo. Os bruxos tornaram-se heréticos, e a perseguição contra todos os Pagãos espalhou-se como fogo selvagem por toda a Europa. É interessante notar que, antes de uma pessoa ser considerada herética, ela tem, primeiro, que ser cristã, e os Pagãos nunca foram cristãos. Eles sempre foram Pagãos.
Os Bruxos (junto com um número incalculável de homens, mulheres e crianças "inocentes" que não eram Bruxos) foram perseguidos, brutalmente torturados, muitas vezes sexualmente violados ou molestados e, então, executados pelas autoridades sádicas, sedentas de sangue da Igreja, que ensinavam que seu Deus era um deus de amor e compaixão. A Bruxaria na Inglaterra tornou-se uma ofensa ilegal no ano de 1541 e, em 1604, foi adotada uma lei que decretou a pena capital para os Bruxos e Pagãos. Quarenta anos mais tarde, as 13 colônias na América do Norte decretaram também a pena de morte para o "crime" de Bruxaria. No final do século 17, os seguidores que permaneciam leais à Religião Antiga viviam escondidos, e a Bruxaria tornou-se uma religião subterrânea secreta após uma estimativa de um milhão de pessoas ter sido levado à morte na Europa e mais de 30 condenadas em Salem, Massachusetts, em nome do Cristianismo.
Embora os infames julgamentos das Bruxas de Salem, em 1692, sejam os mais conhecidos e bem-documentados na história dos Estados Unidos da América, o primeiro enforcamento de um Bruxo na Nova Inglaterra realmente aconteceu em Connecticut, em 1647, 45 anos antes que a histeria contra a Bruxaria se abatesse na Vila de Salem. Ocorreram outras execuções pré-Salem, em Providence, Rhode Island, em 1662.
O método mais popular de extermínio dos Bruxos na Nova Inglaterra era a forca. Na Europa, a fogueira. Outros métodos incluíam a prensagem até a morte, o afogamento, a decapitação e o esquartejamento.
Durante 260 anos, após a última execução de um Bruxo, os seguidores da Religião Antiga mantiveram suas práticas pagãs ocultas nas sombras do segredo e, somente após as leis contra a Bruxaria terem sido finalmente revogadas na Inglaterra, foi que os Bruxos e Pagãos, em1951, oficialmente sairam do quarto das vassouras.