Com a anistia, volta ao Brasil em 1979 abraçando causas como o pacifismo, os direitos da mulher, a ecologia. Vira polêmica ao aparecer de "tanga" na praia, mexendo com os velhos preconceitos da sociedade burguesa. Escreve o best-seller "O que é isso, companheiro?" e mais uma série de livros, e se consagra como o escritor de uma geração.
Em 1986, Gabeira se candidata e fica em 3º lugar na disputa para Governador do Rio de Janeiro, numa coligação entre o PT e o recém-fundado Partido Verde.
Defensor de idéias prá lá de polêmicas, como a legalização da maconha, direito dos homossexuais, etc., Gabeira é eleito Deputado Federal em 1994, pelo Partido Verde do Rio de Janeiro.
Como deputado, Gabeira tem sido o mais controvertido dos parlamentares. Causou polêmica ao importar para o Brasil, sementes de maconha, ao votar a favor da quebra dos monopólios do petróleo e das telecomunicações, entre outras atitudes, que faz o deputado e ex-guerrilheiro Fernando Gabeira ser temido pela direita e, agora também, odiado pela extrema-esquerda.