[ A ] [ B ] [ C ] [ D ] [ E ] [ F ] [ G ] [ H ] [ I ] [ J ] [ K ] [ L ] [ M ] [ N ] [ O ] [ P ] [ Q ] [ R ] [ S ] [ T ] [ U ] [ V ] [ W ] [ X ] [ Y ] [ Z ]

Verhaallijn seizoen 1-5

In dit artikel lees je een overzicht van de belangrijkste kaderverhaalepisodes van de eerste vijf seizoenen van The X-Files, die aan de X-Film vooraf gingen. Omdat het vijfde seizoen nog niet volledig is uitgezonden in de Benelux, is het niet opportuun om de film te gaan zien zonder eerst te weten wat er aan vooraf ging. Daarom, als geheugensteuntje, het verhaal van de X-Files

Wanneer, in maart 1992, FBI-agente Dana Scully door Washington-chief Scott Blevins wordt ontboden, heeft ze geen vermoeden van wat haar precies boven het hoofd hangt. Nadat ze enkele jaren als arts en lesgeefster verbonden is geweest aan het FBI-trainingsinstituut in Quantico, krijgt ze nu de opdracht om de X-Files te onderzoeken en - indien nodig - te ontmaskeren voor wat ze zijn. De X-Files zijn immers geen gewone FBI-zaken: het zijn onderzoeken naar onverklaarbare fenomenen en paranormale verschijnselen. De allereerste X-File, een zaak over weerwolven, werd geopend in 1946, door J. Edgar Hoover himself, het toenmalige opperhoofd van de FBI. Nu, bijna vijftig jaar later, is het onderzoek naar de X-Files het werk van een man, die in het souterrain van het Hoovergebouw in Washington een donkere kantoorruimte is toegewezen: Special Agent Fox Mulder.

Mulder en Scully trekken willens nillens samen aan de slag, zij het niet van harte. Mulders ongeremde openheid voor de wildste verklaringen voor mysterieuze gebeurtenissen en Scully's wetenschappelijke achtergrond zullen in de jaren die op hun ontmoeting volgen verschillende keren botsen, maar hun gezamenlijke geloof in een verklaarbare waarheid, of die nu normaal of paranormaal is, zal hen dichter bij mekaar brengen dan beiden bij hun eerste kennismaking ooit voor mogelijk hielden. Onder de supervisie van assistant-director Walter Skinner zullen ze in contact komen met lever- consumerende mutanten, buitenaardse kakkerlakken, vliegende olifanten, occulte sekten en verleidelijke vampieren, maar geen van deze zaken zal ooit opwegen tegen Mulders voortdurende queeste naar zijn ontvoerde zus Samantha.

Samantha Mulder verdween op 27 november 1973. Zij was toen acht, Mulder dertien. Vader en moeder Mulder waren over bij de buren, Nixon hield net zijn befaamde Vietnamspeech op tv, Fox en Samantha speelden een spelletje Stratego. En toen was er ineens het licht, dat felle licht dat eerst door de ramen scheen, en dan ook door de deur en door alle muren heen. Hoewel Mulder zich de eerste jaren weinig details van Samantha's verdwijning kan herinneren, komt hij er, door zijn werk met de X-Files en zijn hypnosetherapie met dokter Werber, achter dat Samantha ontvoerd is door buitenaardse wezens. Althans, dat is wat hij denkt dat met haar is gebeurd, maar zijn werk aan de X-Files zal dat idee grondig bijsturen.

Wanneer Mulder en Scully kennismaken is hij een 'believer'. U.F.O.'s zijn ruimteschepen van buitenaardse wezens, plekken als Roswell in New Mexico en Tunguska in Siberie zijn crash-sites van zulke schepen en de regeringen van wereldmachten als Amerika en Rusland weten al lang van het bestaan en de aanwezigheid van buitenaardse bezoekers aan aarde af en doen er alles voor om dit bij het grote publiek zo lang mogelijk geheim te houden. Hiervoor wordt niet op een lijk meer of minder gekeken, en de enige waarheid die telt is de leugen die de massa wil geloven. Samantha Mulder is een alien-abductee, daar is Mulder van overtuigd, en hij zal alles doen om haar terug te vinden en om de verantwoordelijken voor de geheimhouding terecht te stellen en de bevolking van Amerika en de wereld van de echte waarheid op de hoogte te brengen.

Maar dat is sneller gezegd dan gedaan: in Amerika wordt de echte regering om de tuin geleid door een mysterieuze, hypermachtige, ultrageheime groep binnen de regering. Het zijn mannen met respectabele posities in de maatschappij, met veel macht en veel geld, die als leden van het Syndicate een hoger doel lijken te hebben: het 'beschermen' van de wereld tegen een mogelijke kolonisatie van de aarde door buitenaardse volkeren. Of de mannen van het Syndicate dit doen met onbaatzuchtige bedoelingen is verre van zeker, net zoals ongeveer alles dat het Syndicate doet verre van zeker is. Om dit doel te bereiken, werkt het Syndicate aan het Project, de aanleg van een complete genetische index van alle Amerikanen.

De macht van het Syndicate lijkt in elke ader van de Amerikaanse samenleving te zitten: senatoren, leden van het Congres en de Supreme Court, het leger en regeringsorganisaties als het CIA, de DOJ, de NIS en zelfs het FBI zelf lijken allemaal gecontroleerd en gestuurd te worden door leden van het Syndicate. Voor het Syndicate is Mulder een gevaarlijk en tegelijk interessante pion: zijn werk met de X- Files maakt dat hij een helper is in het verspreiden van die leugens en verzinsels die zij als waarheid aan het Amerikaanse volk willen voorschotelen, aan de andere kant moet er natuurlijk voor worden gezorgd dat hij nooit de echte waarheid en de 'hidden agenda' van het Syndicate te weten komt. De leden van het Syndicate waarmee Fox Mulder in de loop van zijn carriere in contact komt, de enigmatische Deep Throat, de geheimzinnige Mr X. en de bevallige VN-medewerkster Maria Covarubbias, zijn steeds ambigue figuren: aan de ene kant helpen ze Mulder wel met het doorspelen van geheime informatie en brengen ze hem in contact met mensen waarvan hij anders het bestaan nooit zou hebben vermoed, aan de andere kant huldigen ze steeds het quid quo pro-principe: voor hun hulp en leiding moet steeds wat in ruil komen, en het is niet altijd even duidelijk wat het precies is wat zij van Mulder willen. Verstrikt in dit web van duistere figuren, raadselachtige geheimen en onverklaarbare gebeurtenissen, graven hij en Scully langzaam een tunnel naar de Waarheid.

Hun eerste gezamenlijke X-File brengt hen naar het rustige dorpje Bellefleur in landelijk Oregon, waar ze de geheimzinnige dood van enkele high school kids moeten onderzoeken. Bij het opgraven van het lijk van een van de scholieren vinden ze het kadaver van een oerang-oetang in de lijkkist, die bovendien een metalen implant bevat. Wanneer later in de hotelkamer van Mulder en Scully brand wordt gesticht, gaat al hun bewijsmateriaal verloren, op de metalen implant na, die Scully bij zich had gehouden. De implant wordt in beslag genomen door Cigarette Smoking Man, een steeds in het zwart geklede donkere figuur, die als een schim rondwaadt door de gebouwen van het FBI en lid is van het Syndicate.

Wanneer Mulder op het spoor komt van een vliegtuig van het Amerikaanse leger dat werd gemaakt met behulp van buitenaardse technologie, wordt hij voor het eerst benaderd door Deep Throat. Hoewel het aannemelijk is dat Deep Throat werkt voor het Syndicate, komen we zijn ware identiteit nooit te weten. Hij adviseert Mulder zijn onderzoek stop te zetten en zich met iets anders bezig te houden. Mulder voelt zich door Deep Throats waarschuwingen gesterkt en voelt dat hij iets belangrijks op het spoor is. Voor het eerst komt hij in aanraking met de zware hand van het Amerikaanse leger. Hij wordt gearresteerd en - althans dat beweert hij zelf - zijn herinnering aan alles wat hij op de legerbasis in Area 51 heeft gezien wordt gewist. Thuis in Washington wordt Mulder nog een keer gewaarschuwd door Deep Throat: jazeker, buitenaardse wezens zijn hier al lang op aarde, maar de mannen die hun aanwezigheid proberen verborgen te houden voor de rest van de wereld, zijn machtiger dan Mulder ooit kan vermoeden.

In Deep Throat heeft Mulder een bondgenoot gevonden. Deep Throat speelt misschien met de stukken van de verkeerde partij, hij is voor Mulder toch het levende bewijs dat zijn onderzoek naar de X-Files meer is dan gewoon sciencefiction. En alhoewel Deep Throat hem heeft afgeraden op zoek te gaan in de Area 51, bezorgt hij Mulder niet lang daarna de X-File van zijn leven: in Townsend, Wisconsin is een U.F.O. neergestort. Meer nog: de 'passagier' heeft de crash overleefd. Deep Throat raadt Mulder aan om in het holst van de nacht zijn spullen te pakken en de zaak aan het licht proberen te brengen. Mulder wordt echter ter plekke gearresteerd; in de cel leert hij Max Fenig kennen, een lid van NICAP, een organisatie die U.F.O.- sightings onderzoekt. Wanneer Scully de volgende ochtend Mulder op komt pikken, stelt hij haar voor op onderzoek uit te gaan. Scully wil echter van geen blijven weten: de 'U.F.O.' is een trein met chemisch afval en Max Fenig blijkt - volgens medicijnen die ze aantreffen in zijn trailer - te leiden aan schyzofrenie. In een helse achtervolging verdwijnt Max Fenig. Mulder gelooft dat hij ontvoerd is door buitenaardse wezens; Scully zoekt een wetenschappelijker verklaring.

Deep Throat maakt het hen echter niet altijd even gemakkelijk. Via een gemanipuleerde foto zorgt hij ervoor dat Mulder en Scully op het verkeerde been worden gezet en zo het transport van een neergestorte U.F.O. mislopen. Wanneer Scully ontdekt dat de foto vals is, bekent Deep Throat dat hij Mulder en Scully heeft misleid omdat Amerika nog niet klaar is voor de waarheid. Na het incident in Roswell, New Mexico hebben de machtigste landen ter wereld een geheim verdrag ondertekend, waarin staat dat als een buitenaards wezen levend wordt teruggevonden, het land verantwoordelijk is voor de ogenblikkelijke executie. Deep Throat blijkt een van de weinigen te zijn die in het verleden zo'n E.B.E. heeft moeten om het leven brengen. Omdat Mulder Deep Throat nu niet langer meer vertrouwt, vraagt hij aan Deep Throat om een bewijs van al zijn beweringen.

Dat bewijs krijgt hij in de vorm van een tip. Bij een wilde politie- achtervolging weet de achtervolgde de politie van zich af te schudden door middel van intoxicatie van een groene stof die uit zijn lichaam vrij komt nadat hij wordt beschoten. Mulder en Scully vinden de wagen van de achtervolgde, en komen er achter dat die wagen de eigendom is van een zekere dokter Berube. Na een routinegesprek met Mulder, pleegt de dokter zelfmoord. Een stof uit een Erlenmeyerfles die Scully heeft aangetroffen in het lab van dokter Berube, blijkt buitenaards DNA te bevatten. Deep Throat legt uit dat Dr Berube onderzoek deed op terminale patienten met stoffen die afkomstig waren van buitenaardse wezens. Mulder wordt gevangen genomen wanneer hij in de experimenteerruimte van de dokter op onderzoek uittrekt, maar Scully weet de buitenaardse foetus te pakken te krijgen waar het oorspronkelijke DNA uit de Erlenmeyerfles vandaan komt. De mannen van het Syndicate voelen de hete adem in hun nek. Deep Throat heeft te veel informatie gegeven aan de twee FBI- agenten en de foetus moet kost wat kost terug in de handen van het Syndicate komen. Daarom wordt een ruil voorgesteld: de foetus voor Mulder. Wanneer Deep Throat de ruil uitvoert, wordt hij neergeschoten voor de ogen van Scully. Niet veel later vernemen Mulder en Scully dat de regering de onderzoeken naar X-Files heeft stopgezet.

Scully wordt terug overgeplaatst naar Quantico, Mulder moet saaie afluistertaken vervullen. Mulder verliest interesse in de X-Files: ondanks hun vele onderzoeken, heeft Mulder nog steeds geen zwart op wit bewijs kunnen vinden van buitenaards leven. Ook in zijn zoektocht naar zijn zus Samantha is hij nog niet verder gekomen. Na een tip van een bevriende senator, trekt Mulder naar een U.F.O.- site in Puerto Rico: daar zouden bewijzen van buitenaards leven zijn gevonden, maar er is al een team op weg om die bewijzen te vernietigen. Mulders pogingen om bewijsmateriaal te vinden lopen op een sisser af.

In een wanhopige poging om Mulder onder controle te houden zonder hem te moeden doden, doet het Syndicate een beroep op de Russische opportunist Alex Krycek. Hij wordt door Skinner aangesteld als de nieuwe partner van Mulder, die nu niet alleen aan Skinner, maar ook rechtstreeks aan het Syndicate verslag kan uitbrengen van de vorderingen van Mulder. Samen trekken ze op onderzoek uit naar een man die zijn eigen gedachten kan projecteren in de gedachten van anderen. Mulder ontmoet ook Mr. X, de 'opvolger' van Deep Throat, die hem laat weten dat het Amerikaanse leger tijdens de Vietnamoorlog slaapexperimenten uitvoerde met soldaten, om hen agressiever in oorlogsoperaties op te kunnen voeren.

De meest dramatische plotwending in de X-Files gebeurt met de ontvoering van Scully. Wanneer de mentaal onstabiele Duane Barry een groep mensen gijzelt in een reisbureau, wordt Mulder bij de zaak betrokken. De man gelooft namelijk dat hij een alien-abductee is, en alhoewel de FBI dit verhaal niet serieus neemt, vinden ze wel dat het een goed idee is om hun 'expert' in te zetten. Duane Barry weet Scully met zich mee te nemen naar Skyland Mountain in Virginia. In een desperate poging om Scully te redden neemt Mulder de kabelbaan naar het hoogste punt van de bergtop. Wanneer Mulder Duane Barry weet te arresteren, is Scully niet langer bij hem. Barry vertelt hem dat de buitenaardse wezens hem nu niet langer meer zullen nodig hebben om experimenten mee uit te voeren, nu hij ze Scully heeft gebracht. Een radeloze Mulder arresteert Barry, maar nog voor hij hem terdege kan ondervragen sterft Barry, vermoord door Alex Krycek. Wanneer even later ook Krycek verdwijnt, besluit assistent-director Skinner de X-Files weer voor geopend te verklaren.

Als enkele weken later Dana Scully in comateuze toestand opduikt in het bed van een lokaal ziekenhuis, is Mulder ervan overtuigd dat er meer zit achter Scully's verdwijning dan een ontvoering door buitenaardse wezens. Drie vrienden van Mulder die samen een geheime contra-organisatie hebben opgericht om de waarheid over de regering aan het licht te kunnen brengen, de Lone Gunmen, ontdekken dat met Scully's DNA is geknoeid en dat ze waarschijnlijk niet lang meer te leven heeft. Wanneer ze uit haar coma ontwaakt, wil Scully echter maar een ding: zo snel mogelijk weer aan het werk, om uit te vinden wat met haar is gebeurd en wie verantwoordelijk is voor haar toestand.

Wanneer een buitenaardse ruimtetuig neerstort in de Beaufortzee, weet de piloot, een premiejager, te ontsnappen. Zijn missie is het uitroeien van een aantal dokters in abortusklinieken, die er - zo ontdekt Mulder - allemaal precies gelijk uit zien. De premiejager bezit de unieke capaciteit om van uiterlijk te veranderen. Mulder en Scully worden benaderd door Ambrose Chapel, een CIA-agent. Hij vertelt hen hoe tijdens de Koude Oorlog Russische wetenschappers er zijn in geslaagd om DNA te klonen. Rusland zorgde er vervolgens voor dat op strategische plaatsen in de Amerikaanse regering en overheidsinstellingen klonen werden tewerkgesteld, om zo geheime informatie over Amerika te weten te komen. De buitenaardse premiejager werd 'ingehuurd' door het Syndicate, met als doel systematisch alle Russische spionklonen uit te schakelen.

En dan, ineens, keert Samantha terug naar huis. Ze vertelt Mulder dat ze na haar ontvoering geadopteerd werd door buitenaardse ouders, die via speciale technieken erin slaagden haar aardse bestaan te doen vergeten. Via regressiehypnose is Samantha er in geslaagd haar echte ouders - en haar broer! - terug te vinden. Ze roept de hulp van Mulder in om ervoor te zorgen dat de premiejager haar adoptievader niet vermoordt. Mulder leert dat buitenaardse wezens al sinds 1940 in de weer zijn om een kolonie op aarde te realiseren door het klonen van hun eigen DNA met het DNA van aardbewoners. Omdat een deel van de buitenaardse wezens dit een 'vervuiling' van het eigen ras vond, werd eveneens een premiejager ingehuurd om alle klonen uit te schakelen. Mulder komt te weten dat ook zijn 'zus' is gekloond, en wanneer ze om het leven komt bij een brand in een abortuskliniek, vertelt Mr. X hem dat het 'origineel' niet is gestorven. Zij leeft nog steeds, maar hij wil en kan Mulder niet vertellen waar. Wanhopig op zoek naar meer gegevens, neemt hij opnieuw contact op met de Lone Gunmen.

De Lone Gunmen brengen Mulder op het spoor van een DAT-tape, waarop illegaal gedownloade informatie staat met het bewijs dat de Amerikaanse regering op de hoogte is van kloning en buitenaardse wezens. Wat Mulder niet weet is dat ook de naam van zijn vader in die informatie terug te vinden is. Wanneer Cigarette Smoking Man zijn vader laat weten dat zijn zoon over de DAT-tape beschikt, weet vader Mulder dat er maar een ding op zit: bekennen wat hij weet. Maar nog voor hij dat kan, wordt hij door Krycek vermoord. Ondertussen heeft Scully de Indiaanse tolk Albert Hosteen gevonden. De informatie op de DAT-tape is namelijk gecodeerd in het Navaho-dialect. Hosteen vertelt hoe ooit in zijn streek een oude Indianencultuur van de ene dag op de andere verdween. De Oude Buitenaardsen werden ze genoemd, of 'Anasazi'. Hosteen gelooft dat zij door een buitenaards ras zijn meegenomen. Op zoek naar sporen van de Anasazi, trekt Mulder de woestijn in. Daar vindt hij een ingegraven wagon met lijken. Cigarette Smoking Man is echter ook naar New Mexico getrokken, met de bedoeling alle bewijzen van het Anasazi-project te vernietigen.

Wanneer, in Washington, Scully door de metaaldetector van het FBI-gebouw wandelt, ontdekt ze dat in haar nek iets metaalachtigs steekt. Na onderzoek blijkt het een microchip te zijn. Samen met de Lone Gunmen ontdekt Mulder dat zijn vader deel uitmaakte van de Operatie Paperclip tijdens de tweede wereldoorlog, een programma van de Verenigde Staten dat oorlogsmisdadigers uit andere landen een veilige thuishaven bezorgde in ruil voor hun wetenschappelijke kennis. Wat Mulders vaders betrokkenheid was, komen ze niet te weten. Wel dat het hoofdkwartier van de operatie de Strughold Mining Company in West Virginia was. Daar ontdekken ze een gigantisch archief met genetische informatie van miljoenen burgers van de Verenigde Staten. Mulder vermoedt dat enkele oorlogsmisdadigers, waaronder de beruchte Victor Klemper, onderzoek hebben gedaan naar het creeren van een hyperhybride van mens en buitenaards wezen, aan de hand van de E.B.E.'s die in Roswell, New Mexico in 1947 zijn aangetroffen. De DNA-records in de Mining Company zijn systematisch verzameld bij het inenten van kinderen tegen pokken en vormen dus een zo goed als complete lijst met alle genetische informatie van alle Amerikanen.

Mulder en Scully gaan op zoek naar wat de metalen microchip in Scully's nek te betekenen heeft. Ze komen terecht bij een groep vrouwen die allemaal beweren ontvoerd te zijn door buitenaardse wezens en allemaal over een implant beschikken. Scully reageert ongelovig wanneer haar wordt verteld dat elke ontvoerde vrouw op een bepaald moment aan kanker zal sterven. Wanneer vier Japanse top-wetenschappers worden vermoord, wordt Mulder ervan op de hoogte gebracht dat het hier gaat om wetenschappers zoals Victor Klemper, die een hybride wilden maken van een buitenaards wezen en een mens. Via foto's ontdekt Mulder een geheime spoorweg, die gebruikt wordt voor het vervoer van zaken die het daglicht niet kunnen zien. Een geheime tip brengt hem op het spoor van een treinwagon waar het buitenaardse wezen waaraan de vier Japanse wetenschappers werkten, in getransporteerd wordt. De begeleider van het wezen, de eveneens Japanse dokter Zama, treft hij vermoord in zijn coupe aan.

Mr. X vertelt Scully dat de metalen chip het antwoord biedt op al haar vragen. Samen met agent Pendrell ontdekt ze dat de chip informatie verzamelt en alle mentale informatie van een persoon opslaat. Pendrell ontdekt een firmanaam op de chip. Het blijkt te gaan om een Japans bedrijf, geleidt door doktor Zama. Wanneer Scully op onderzoek uit trekt, ontdekt ze een melaatsenkolonie, waar mensen en buitenaardse wezens gebruikt worden voor het uitvoeren van tests. Scully wordt gevangen genomen en voor een lid van het Syndicate gebracht. Hij vertelt haar dat Zama stralingsexperimenten uitvoerde op gewone mensen. Ervan overtuigd dat de wagon waarin Mulder zich bevindt geen buitenaardse wezens bevat, maar een gedeformeerde proefpersoon, probeert Scully Mulder ertoe te brengen naar huis te keren.

Wanneer de bemanning van een bergingsschip, de Piper Maru, kenmerken van besmetting met een zwarte olieachtige substantie vertoont, begint voor Mulder en Scully een heel nieuwe zaak. Op onderzoek in het huis van een van de bemanningsleden, vinden Mulder en Scully een brief gericht aan Kallenchuk Salvage Brokers, het bedrijf dat de bergingsoperatie van de Piper Maru organiseerde. Mulder achtervolgt Geraldine Kallenchuck naar Hong Kong op vermoedens dat wat gebergd werd een U.F.O. was. Nog voor Mulder haar kan ondervragen, wordt ze echter vermoord door Krycek. Mulder weet Krycek te arresteren in de luchthaven van Hong Kong. Wanneer Krycek zich even terugtrekt in het toilet, wordt hij door de vrouw van een van de bemanningsleden van de Piper Maru die hem is gevolgd, besmet met de vreemde substantie. Mulder is ervan overtuigd dat de olie een medium is dat gebruikt wordt door een buitenaardse ras om van de ene drager naar de andere drager te verspringen. Het medium lokt Krycek naar een silo van het Amerikaanse leger waar het ruimteschip van het buitenaardse ras staat, en verlaat daar Kryceks lichaam.

Wanneer een man twee slachtoffers van een brutale schietpartij in een hamburgerrestaurant weet te genezen, komen Mulder en Scully op het spoor van klonen die hun lichaam van vorm kunnen doen veranderen. Mulder ontdekt dat Cigarette Smoking Man en zijn moeder elkaar kennen; wanneer Mulders moeder in het ziekenhuis terecht komt, leidt zij hem naar een wapen dat in hun huis verborgen zit waarmee hybride-wezens kunnen worden uitgeschakeld. Wanneer Jeremiah Jones, de genezer uit het hamburgerrestaurant, contact opneemt met Scully, spreken ze af op een geheime ontmoetingsplaats. Waar ze niet op hebben gerekend is dat ook de premiejager van de partij is. Mulder en Scully doen alles om Jeremiahs leven te redden. Niet alleen kan hij hen meer vertellen over de kolonisatieplannen, hij is - met zijn helende kracht - ook Mulders enige hoop voor zijn moeders genezing. Achtervolgd door de premiejager, brengt Jones Mulder bij een landelijke boerderijgemeenschap die gerund wordt door klonen. Mr X probeert Mulder een laatste keer te waarschuwen dat zijn leven in gevaar is, maar hij wordt in Mulders appartement neergeschoten. Hij schrijft SRSG met zijn bloed op de grond van Mulders flat.

Omdat de gevaarlijkste vijanden die vijanden zijn die niets meer te verliezen hebben, besluit Cigarette Smoking Man om, via de helende kracht van de premiejager, de moeder van Mulder te laten genezen. Mulder trekt naar de gebouwen van de VN, waar hij SRSG Maria Covarubbias ontmoet, die zijn nieuwe tipgeefster wordt.

Wanneer Mulder en Scully Krycek weten te arresteren, dwingt Krycek zijn vrijheid af in ruil voor informatie die Cigarette Smoking Man en het Syndicate kan ontmaskeren. Hij voert hen naar de luchthaven, waar een Russisch diplomaat wordt gearresteerd. Zijn bagage, een rots, blijkt dezelfde zwarte substantie te bevatten die ze eerder al bij de bemanning van de Piper Maru hebben aangetroffen. Via Maria Covarubbias komt Mulder te weten dat de bestemming van de diplomaat Tunguska was, een plaats in Siberie waar aan het begin van deze eeuw een gigantische explosie plaats vond, die volgens sommigen een meteorietinslag als oorzaak had, volgens anderen een U.F.O.-crash. Wanneer Mulder leert dat Krycek vloeiend Russisch spreekt, neemt hij hem mee naar Tunguska. Daar ontdekken ze een concentratiekamp waar experimenten worden uitgevoerd op gevangenen. Mulder en Krycek worden gearresteerd; Mulder wordt geinjecteerd met een vaccin en vervolgens blootgesteld aan de zwarte olie.

Mulder weet te ontvluchten en komt terecht bij een kleine familie. Ze vertellen hem dat de enige manier om de experimenten te ontvluchten, de amputatie van de linkerarm is. Mulder weet de familie te overtuigen dat hij op weg is naar Sint-Petersburg en ontvlucht zo de amputatie. Krycek heeft minder geluk: zijn 'redders' amputeren zijn linkerarm stante pede. Beiden keren terug naar Amerika. Wanneer Mulder ontdekt dat Krycek nog een rots met zwarte olie verborgen houdt in Terma, rijden Scully en Mulder naar North Dakota. Ze ontsnappen op het nippertje aan een aanslag op hun leven en weten de rots niet te pakken te krijgen.

Wanneer Scully verneemt dat zij aan kanker lijdt, besluit ze naar de groep vrouwen te trekken die ze eerder heeft ontmoet en die haar waarschuwden voor de kanker die haar te wachten stond. Daar komt ze te weten dat bijna elk lid van de groep ondertussen is overleden. Ze leert doktor Scanlon kennen, die - naar eigen zeggen - een behandeling voor de bijzondere vorm van kanker op het spoor is. Samen met de Lone Gunmen weet Mulder het instituut van Scanlon te infiltreren, waar hij een aantal klonen ontdekt die er tewerk gesteld zijn. Hij ontdekt er een archief met ova die tijdens de ontvoering van talloze vrouwen werden verwijderd en gebruikt werden als genetisch basismateriaal voor de klonen. Mulder weet Scully te overtuigen om de behandeling van Scanlon stop te zetten.

Wanneer een postpakket met wespen de dood veroorzaakt van een postbeamte, wordt Skinner door Cigarette Smoking Man gevraagd de brokken te ruimen. Mulder komt te weten dat het Syndicate tests uitvoert met de zwarte olie en bijenkolonies, alhoewel hij niet weet wat de tests precies inhouden. Een school in South Carolina wordt het slachtoffer van een bijenaanval. Skinner confronteert Cigarette Smoking Man. Cigarette Smoking Man ontmoet daarna Maria Covarubbias en vertelt haar om Mulder te vertellen wat hij maar wil horen.

Wanneer Mulder ontdekt dat zijn appartement wordt afgeluisterd, vermoordt hij de spion en verminkt hem tot hij onherkenbaar wordt. Met Scully spreekt hij af om zijn eigen dood te ensceneren. Dat zal hem in staat stellen om achter de schermen wat onderzoek te verrichten dat hij anders niet zou kunnen. Mulder komt in contact met Michael Kritschgau, die hem vertelt dat alles wat hij tot nu toe heeft onderzocht een groot opgezet spel was. Een alienlichaam dat Mulder uit de bergen heeft weten over te brengen naar Washington, is door wetenschappers uit bestaand biomateriaal gecreeerd om hem op het verkeerde been te zetten. In 1947 begon de Amerikaanse regering met het op het verkeerde been zetten van de bevolking, om een op en top geheim DNA-project te verbergen. Mulders onderzoek wordt binnen het FBI met argusogen gevolgd en tegengewerkt, door een niet nader genoemde medewerker van het Syndicate, zo vertelt Kritschgau. Met een pas die hij gevonden heeft op het lichaam van de spion die hij heeft vermoordt, weet Mulder de archieven van het Pentagon binnen te dringen. Daar vindt hij een kleine microchip op naam van Dana Scully.

Ondertussen heeft Scully ontdekt dat het biomateriaal van het alienlichaam dat Mulder haar gevraagd had te onderzoeken hetzelfde genetische materiaal bevat als de stof die de oorzaak was van haar kanker. Mulder is radeloos: de onthullingen van Michael Kritschgau hebben hem uit z'n lood geslagen. Mulder ziet in dat zijn geloof in U.F.O.'s en buitenaardse wezens een grote fout is geweest, die hem voortdurend van de hoofdschuldigen heeft doen afwijken: het leger en de Amerikaanse regering. De abducties, de crashes, de alien-autopsieen, het waren allemaal gefabriceerde plannen om afleiding te creeren, om ervoor te zorgen dat Mulder en de Amerikaanse bevolking de leugens als waarheid wilden aannemen.

Voor Mulder verklaringen moet afleggen over de dood van de man die hem bespionneerde, wordt hij bij Washington-chief Scott Blevins ontboden die hem een deal aanbiedt. Als hij Skinner aanduidt als de persoon binnen het FBI met banden met het Syndicate, zal hij van alle blaam worden gezuiverd. Op de vergadering beschuldigt Mulder echter in het wilde weg Blevins zelf, die wegrent en op zijn kantoor wordt vermoord.

Cigarette Smoking Man laat Mulder weten dat hij 'een vriend' is. Hij wil hem helpen door hem te vertellen hoe de microchip die hij in het Pentagon heeft gevonden gebruikt kan worden om Scully te genezen en door hem iemand te laten ontmoeten. Hij vertelt Mulder dat de microchip teruggeplaatst moet worden waar Scully de eerste heeft laten verwijderen. Alleen dan zal de kanker weggaan. In een verlaten pub brengt hij Mulder in contact met zijn zus. Samantha vertelt Mulder dat ze na haar ontvoering naar een hotelkamer werd gebracht en dat haar daar werd verteld dat Cigarette Smoking Man haar echte vader was. Mulder vertelt haar dat dat een leugen is en dat haar moeder nog steeds in leven is.

Cigarette Smoking Man biedt Mulder een deal aan: als hij voor hem komt werken en zijn werk bij de FBI in de steek laat, zal hij hem de hele waarheid en niets dan de waarheid laten zien. Mulder weigert het aanbod. Later wordt Cigarette Smoking Man neergeschoten. Op zijn bureau ligt een foto van de jonge Fox en zijn zus Samantha.

Op vakantie bij haar broer Bill en zijn zwangere vrouw Tara, ontdekt Scully dat zij een biologische dochter heeft. Een meisje, Emily, blijkt haar DNA gemeen te hebben met dat van Scully. Scully is ervan overtuigd dat haar ova gebruikt zijn om een deel van haar te klonen. In een bejaardentehuis ontdekken Mulder en de Lone Gunmen een aantal oude vrouwen die blijkbaar nog maar kort geleden een kind op de wereld hebben gezet. Op zoek naar bewijzen naar wat voor experimenten er gebeurd zijn met Scully, Emily en de vrouwen van het bejaardentehuis, komt Mulder bij een farmaceutisch bedrijf dat er een eigen manier van research op nahoudt. Wanneer Emily sterft, verdwijnt haar lijk op mysterieuze wijze, waardoor alle mogelijke bewijsmateriaal van de experimenten uit de handen van Mulder en Scully glipt.

In Kazahkstan worden een boel mensen gedood op een UFO-site wanneer buitenaardse wezens zonder gezicht met gigantische vuren mensen doden. Een van de getuigen van dit voorval, een tienerjonger, wordt door Krycek meegenomen. Het Syndicate is ervan overtuigd dat deze sabotage van hun Project het werk is van een buitenaards ras dat hun plannen wil dwarsbomen. Krycek infecteert de tiener met de zwarte olie en neemt contact op met het Syndicate. In ruil voor alle informatie over een vaccin tegen de zwarte kanker, kan hij hen de jongen bezorgen.

Een groep alien-abductees van overal in Amerika komt samen bij Skyland Mountain, de plek waar eerder Scully naartoe werd genomen door Duane Barry. Mulder gelooft dat de groep bijeen geroepen werd door hun implants. Allen behalve Scully vinden op gruwelijke wijze de dood. Covarrubias brengt Mulder op de hoogte van het gelijkaardige incident in Kazahkstan en de getuige van de zaak. Tijdens het telefoongesprek weet de zwarte olie uit de tiener te ontsnappen en infecteert Covarrubias. Het Syndicate komt te weten dat in Siberie een vaccin tegen het virus is gevonden, waarmee onder andere Mulder en Krycek zijn ingespoten, waardoor ze immuun tegen de zwarte olie zijn geworden. Als Krycek het Syndicate kan brengen tot bij het vaccin, kan hij zijn vrijheid terugkrijgen. Krycek dringt binnen in het appartement van Mulder en brengt hem ervan op de hoogte dat Skyland Mountain en Kazahkstan vuurtorengebieden zijn voor buitenaardse rassen.

Op een toernooi tussen een Russische schaakmeester en een Amerikaans jongetje, wordt de Russische speler in koelen bloede vermoord. Nadat hij de videotapes van de assassinatie heeft gezien, besluit Mulder dat de moordenaar eigenlijk het jongetje had willen vermoorden, maar dat het jongetje zich op het laatste nippertje heeft kunnen redden. Hij besluit dat het jongetje geen grote schaakmeester is, maar over een speciale gave bezit, telepathie, waardoor hij alle zetten van zijn tegenstander vooraf kan weten. Mulder komt te weten van de moordenaar dat het jongetje de missing link is tussen de mens en een buitenaards ras.

Die nacht dringt Cigarette Smoking Man, die de schietpartij op zijn persoon heeft overleefd, binnen in het bureau van Mulder. Hij steelt de X-File in verband met Samantha Mulder en steekt het bureau van Mulder in brand.