Episódio 1 
East Meets West (Parte 1)

Chung I, mágico e conselheiro espiritual, descobriu que o malígno espírito do Dragão achou uma maneira de escapar de seu aprisionamento do Espelho dos Espíritos e tenta avisar Mestre Splinter do perigo. Depois de ser gravemente ferido pelo Dragon Lord, que usou o espelho para tal ato, Chung I manda sua filha adotiva, Mei pieh Chi, para Nova Iorque para achar e ajudar Splinter.

Episódio 2
East Meets West (Parte 2)

Os Tartarugas encontram Mei Pieh Chi pela primeira vez, e os cinco decidem acabar de uma vez com o Destruidor e seus planos, assim podem se concentrar em salvar Mestre Splinter. Venus usa seus poderes Shinobi para mostrar ao Destruidor o homem que ele costumava ser. Raphael apelida Mei Pieh Chi de Venus de Milo.

Episódio 3 
East Meets West (Parte 3)

Venus ensina aos outros como entrar na Dimemsão dos Sonhos, assim eles podem resgatar Mestre Splinter, o que parece muito fácil na teoria. Depois de salvar Mestre Splinter e voltar para o Mundo Real é que eles notam que Dragon Lord usou a saída deles para escapar para a realidade juntamente com seus capangas!

Episódio 4 
East Meets West (Parte 4)

Wick cria um soro da super-força para Dragon Lord usar em seu exército e asim acabar com os Tartarugas, mas ele só tem engradientes suficientes para fazer uma dose. O Guarda então sai em busca de outras partes para fabricar, elas estão em um armazém no Zoológico de Nova Iorque.

Episódio 5 
East Meets West (Parte 5)

Donatello e Venus tem opiniões diferentes de como neutralizar o poderoso soro de Wick. Eles precisam resolver esse problema logo, pois Dragon Lord e seu exército estão planejando conquistar o Mundo!

Episódio 6
Staff of Bu-Ki

Dragon Lord entra na fenda do tempo para roubar o lendário cajado de Bu-Ki - uma antiga relíquia com um poder de destruir qualquer um que possua o poder Shinobi. Seus planos involvem explodir o planeta Vênus, a não ser que as Tartarugas o detenham a tempo!

Episódio 7
Silver and Gold

Quando uma série de roubos a bancos arrasam Nova Iorque, os Tartarugas não se preocupam no começo. Mas quando a rota de fuga dos ladrões passa perto do esconderijo das Tartarugas, eles entram em ação! Conseguirão eles prender os criminosos e ficarem nas sombras?

Episódio 8
Meet Dr.Quease

Um dos maiores ídolos de Donatello no mundo da ciência, Dr. Quease, é sequestrado pelos dragões. Quando os outros Tartarugas dizem que é loucura lutar com os Dragões apenas para salvar um louco cientista, Donatello decide ir à luta sozinho, com ou sem os outros.

Episódio 9
All in the Family

Durante uma corrida matinal nos esgotos, os Tartarugas descobrem um raro bebê tartaruga debaixo da casa do mercenário Simon Bonesteel. Bonesteel adora caçar raros animais por esporte, e planeja colocar os Tartarugas como espécies em extinção!

Episódio 10
Trusting Dr.Quease

Quando Dragon Lord e Dr. Quease tem uma discussão, Quease chama Donatello, porquê, em sua cabeça, eles são os dois criadores mais brilhantes do planeta, e ele acha que os dois podem trabalhar muito bem juntos. Don fica apreensivo, mas não resiste a oportunidade de colaborar com o grande e louco cientista.

Episódio 11
Windfall

Quando Michelângelo acha um bilhete premiado de loteria, ele acha que seus dias de esgoto estão contados. Mas antes mesmo de pegar seu prêmio, os outros Tartarugas já sonham com milhões de possibilidades de gastar o dinheiro! O que eles não sabem é que o verdadeiro dono do bilhete, Silver, quer seu bilhete de volta!

Episódio 12
Turtles Night Out

Depois de um encontro noturno com Bonesteel, Michelângelo tem uma idéia: dar uma festa rave pelos direitos dos animais, aonde todos devem ir fantasiados.

Episódio 13
Mutant Reflections

Os Tartarugas tem um momento difícil decidindo quem é quem quando seus inimigos começam a aparecer de todos lugares, e eles se parecem muito com nossos heróis!

Episódio 14
Truce or Consequence

O ego de Michelângelo fica inflado quando Wick e Rank começam seu próprio rádio fã-clube. Os dragões dizem que estão cansados do regime opressivo de Dragon Lord, e querem ajudar os Tartarugas mandando ele de volta para o Espelho. Será que eles falam sério ou isso é apenas um truque?

Episódio 15
Sewer-Crash

Donatello se vê surfando na Web procurando informação, alguém entra em seu computador e manda para ele uma mensagem - mensagem que reprograma o cérebro de Donatello! Agora o inteligente irmão dos Tartarugas se tornou um ladrão cyberpunk!

Episódio 16
Going Ape

Raphael está tendo um de seus momentos favoritos - enchendo o saco de Simon Bonesteel - quando um exército de Lutadores Rank decidem entrar no jogo. Mesmo tendo que lutar contra Bonesteel e seis dragões em uma casa antiga, Raphael não vê problema nisso - até que um Gorilla fujão aparece!

Episódio 17
Enemy of My Enemy

Quando os Tartarugas salvam um mendigo que estava sendo atacado pelos Dragões no Central Park, eles se assustam. O homem é ninguém menos que seu antigo inimigo: Oroku Saki, o Destruidor! O que os Dragões querem com ele?

Episódio 18
King Wick

Quando um acidente químico dá ao malvado Wick poderes telecinéticos, ele não só usa suas habilidades em Dragon Lord, mas põe as Tartarugas Ninja em teste também!

Episódio 19
The Good Dragon

Quando a vida de Venus é salva por um dos lutadores de Dragon Lord, os Tartarugas são forçados a reexaminar suas opiniões. agora o "Bom" Dragão está tentando fugir do espírito Dragoniano que está atrás dele. Venus quer ajudá-lo mas Raphael ainda pensa que um bom Dragão é um Dragão morto.

Episódio 20
The Guest

Quando seu apartamento é incendiado, o parceiro de xadrez de Splinter se muda para o esconderijo dos Tartarugas por uns dias. Os Tartarugas tem que esconder as suas verdadeiras identidades do amigo cego, e ainda tem que aguentar suas extravagâncias.

Episódio 21
Like Brothers

O Conflito entre Raph e Don vem a tona novamente. Agora, Mike e Leo entram na discussão tembém. Enquanto a briga rola, os Tartarugas reflitem sobre seus conflitos no passado, e Raph decide mudar para melhor.

Episódio 22
Unchain My Heart (Parte 1)

Enquanto os Tartarugas estão ocupadas lutando com Bonesteel, um velho inimigo de Chung I chega a Nova Iorque para destruir a antiga estudante de Chung I - Mei Pieh Chi - também conhecida como Venus!

Episódio 23
Unchain My Heart (Parte 2)

Sabendo que vampiros bebem sangue humano, eles são um problema dos Humanos. Os Tartarugas decidem ir contra os desejos de Venus e Splinter e retornam o coração de Vam Mi's. É um grande plano exceto por uma coisa - os vampiros estão determinados a destruir Venus.

Episódio 24
Unchain My Heart (Parte 3)

Bonesteel está doente e cansado dos sugadores imortais de sangue ficando no caminho de seus esforços para capturar os Tartarugas. Ele e Vam Mi se juntam para destruir os heróis.

Episódio 25
Unchain My Heart (Parte 4)

Com as Tartarugas sendo reféns de Bonesteel, agora é com Splinter e Venus a missão de acabar com os vampiros de uma vez por todas. É melhor eles se apressarem pois num ato de desespero, Vam Mi clama pela presença do antigo Príncipe do Sangue - O Vampiro Elemental!

Episódio 26
Who Needs Her?

Quando Venus acidentalmente prende alguém em um campo de força, eles começam a questionar o valor da lutadora no time, contando seus inúmeros erros no passado. Quando eles decidem que tudo seria melhor sem ela, eles descobrem que ela foi capturada por Rank!