Mulder fait jouer ses relations pour enquêter sur la disparition d'un pilote d'essai de la base aérienne d'Ellens ; le sixième à être porté disparu sur cet établissement depuis 1963. Le dossier, dit-il à Scully, " sent le paranormal."
Avant qu'ils ne partent, un inconnu (Deep Throat) vient rejoindre Mulder dans les toilettes. Il affirme qu'il a le plus grand intérêt pour son travail et lui recommande de "laisser tomber ce dossier".

Mulder et Scully rencontrent l'épouse du pilote, qui raconte qu'il s'est conduit de façon imprévisible : il a saupoudré son repas de mélange pour les poissons rouges au cours d'une soirée entre amis, il traitait ses enfants de façon très dure et était parfois pris de grelottements, comme s'il avait eu une attaque. Plus tard, les agents visitent le café The Flying Saucer qui est à la recherche d'obsédés d'OVNI. Là, Mulder trouve une photo d'OVNI qui ressemble énormément à un cliché réputé pris en 1947 à Roswell, au Nouveau-Mexique. "J'en connais un qui ne sera pas très content en voyant mon rapport", annonce Scully, agacée. La nuit venue, ils observent deux lumières filant dans le ciel nocturne.
Mulder explique qu'Ellens, selon la rumeur, est une des six bases où ont été transférés des fragments d'épave de l'OVNI de Roswell. Il pense que le gouvernement teste des appareils construits avec une technologie extraterrestre, et que les tensions des tests sont peut-être à l'origine de la conduite des pilotes.

Le pilote disparu réapparaît de façon inexplicable, mais sa femme affirme qu'il a changé. "Ce n'est pas mon mari. Ils lui ont fait quelque chose." Pour Mulder, la mémoire du pilote a pu être reprogrammée pour lui faire oublier certaines informations, de crainte qu'il ne constitue un risque pour la sûreté de la base.
Peu après, Mulder et Scully sont arrêtés par un groupe d'hommes armés, qui leur intiment l'ordre de quitter la ville immédiatement, sans quoi ils assumeront les conséquences de leur curiosité mal placée. Scully incite son partenaire à se tirer d'ici pendant qu'il est encore agent du FBI.
Mais il se livre à une expédition solitaire et se fait capturer après avoir observé un des OVNIS.

Mulder est sanglé sur une civière et on lui injecte des drogues. Résolue à le récupérer, Scully prend un des membres de la sécurité en otage et se rend sur la base, où on lui amène Mulder, sonné, les yeux vitreux. "Comment je suis arrivé là ?", demande-t-il.