Un vaisseau extraterrestre s'écrase dans les bois, mais un commandant de l'armée ordonne au technicien radar de ne parler dans son rapport que du passage d'un météore. Bientôt, le gouvernement fait évacuer tout le secteur, en prétextant un accident avec une cargaison toxique.
Deep Throat apprend à Mulder qu'une équipe de récupération rapide a été dépêchée sur les lieux. L'agent dispose donc de 24 heures pour mettre au jour des preuves avant que le cordon sanitaire ne soit levé et toutes traces effacées. Mulder s'infiltre dans l'opération en cours baptisée Opération Faucon, mais on le surprend en train de prendre des photos de l'épave, tandis que les soldats traquent le pilote en fuite de l'OVNI. "Je vous suggère d'oublier ce que vous avez vu - ou ce que vous croyez avoir vu", lui conseille le commandant. En détention, Mulder rencontre Max Fenig, un membre de NICAP - le Noyau d'Investigation des Choses Aériennes Pas normales (!). Fenig révèle à Mulder qu'il connaît bien son travail et que tout ceci "ressemble à une réédition de l'affaire Roswell".

Scully vient tirer Mulder de sa prison, et lui apprend qu'il a de gros ennuis à Washington, qu'on va peut-être fermer la section des affaires non classées. Entre-temps, les militaires localisent le pilote extraterrestre, mais les soldats qui ont affaire à cette entité translucide sont horriblement brûlés.
Mulder, de retour à sa chambre de motel, trouve Fenig en proie à une sorte de crise d'épilepsie et remarque une incision bizarre derrière son oreille. Une cicatrice qu'il a précédemment vu chez des gens soi-disant enlevés par des extraterrestres. Mulder est désormais persuadé que la présence de Fenig n'est pas une coïncidence. Les radars de l'armée, pendant ce temps, ont capté la trajectoire d'un nouveau "météore", beaucoup plus grand que le premier, et qui, comme le fait remarquer l'opérateur radar, "semble planer au-dessus d'une petite ville de l'est du Wisconsin".
Le pilote extraterrestre, entre temps, a trouvé Max Fenig. Celui-ci commence à saigner de l'oreille lorsque le pilote entre dans sa tête. Il le guide dans un hangar où Mulder le retrouve. Il se retrouve catapulté à travers la pièce par une présence étrangère et voit Max un instant suspendu en l'air, avant qu'il disparaisse dans un éclair lumineux, enlevé une nouvelle fois.

De retour à Washington, Mulder est soumis à un interrogatoire par un comité. "On ne combat pas des mensonges portant l'estampille gouvernementale", réplique Mulder, en les défiant, et il ajoute : "Aucune loi, aucun gouvernement sur Terre n'aura jamais le droit de manipuler la vérité."
Deep Throat explique au président du comité qu'il y a plus de risques à couper les ponts avec Mulder, à lui laisser dévoiler au public ce qu'il sait, ce qu'il croit savoir, qu'à le laisser poursuivre son travail.