Quand Scully et Mulder apprennent qu’un OVNI abattu
au-dessus de l’Irak a été transféré en secret
aux USA, ils découvrent une tentative du gouvernement
pour étouffer l’affaire.

Un pilote irakien abat un OVNI, qui s'écrase à proximité d'une base américaine, sur la frontière entre l'Irak et la Turquie.
À Reagan, Tennesse, un camionneur perd toute énergie dans son véhicule et raconte qu'il a vu une soucoupe et des lumières. Quand Mulder veut interroger l'homme, le shérif vient le libérer et annonce qu'il refuse de coopérer. Mulder a la conviction que le camion contenait une E.B.E (entité biologique extraterrestre) qu'il transportait à travers le pays.
À la recherche d'aide, Mulder présente Scully à un trio baptiser les Lone Gunmen, un groupe extrémiste de surveillance du gouvernement… L'un d'eux, Langly, se vante d'avoir pris son petit déjeuner avec "le gars qui a tiré sur John F. Kennedy". Scully les prend pour des paranoïaques, jusqu'à ce qu'elle découvre un micro-espion dissimulé dans son propre stylo.
Deep Throat confie à Mulder un paquet qui oriente l'enquête vers des installations en Géorgie, et lui annonce qu'il est "sur une voie périlleuse". Scully redoute que Mulder ne soit induit en erreur. Bien que celui-ci professe toute confiance en Deep Throat, l'information se révèle sans fondement. "Mulder, je n'ai confiance qu'en toi", lui dit Scully, en le prévenant que sa passion l'aveugle et que d'autres risquent d'en tirer parti contre lui.
Lors d'une nouvelle confrontation, Deep Throat admet qu'il a cherché à détourner l'attention de Mulder, prétendant qu'il existe encore certains secrets qui doivent absolument rester secrets.
Sur la piste du camion, Mulder et Scully arrivent dans l'État de Washington, où ils sont arrêtés par une lumière aveuglante, et découvrent le camion abandonné. "Je crois qu'on a été les témoins d'une mission de sauvetage", conclut Mulder avant de comprendre qu'il s'agissait encore d'une mise en scène pour leur faire lâcher prise. Ils retrouvent la piste du camionneur, et aboutissent à des installations gouvernementales où ils s'introduisent avec de faux laissez-passer fournis par les Lone Gunmen. Lorsque la sécurité tente de les arrêter, Mulder se rue dans l'escalier.
En-bas, il retrouve Deep Throat, qui lui apprend l'existence d'un pacte ultra-secret conclu entre les nations après l'incident de Roswell en 1947 : toutes les E.B.E. survivantes doivent être exterminées. Deep Throat avoue être un des trois hommes à avoir exécuté cet ordre, lorsqu'il faisait parti de la CIA, au Viêt-nam. Cet incident l'a profondément marqué et lui a inspiré l'idée de se servir de Mulder pour se racheter. "À travers vous, dit-il, la vérité se fera connaître."
Mulder regarde, mais le réceptacle est vide. "Je me demande quel mensonge je dois croire", dit Mulder à Deep Throat qui disparaît dans les brumes de la nuit.