Enquêtant sur une information fournie par Gorge
Profonde, Mulder et Scully découvrent que le gouvernement se
sert de cobayes humains pour expérimenter sur l'ADN
extraterrestre, avec des conséquences effrayantes.

Un homme fuit des policiers, qu'il repousse comme des poupées de chiffon avant de se jeter dans la baie en laissant derrière lui une traînée de sang vert.
C'est Deep Throat qui attire l'attention de Mulder sur l'affaire. Grâce à la voiture de l'évadé, l'agent remonte jusqu'à un certain Dr Berube, qui se refuse à toute conversation. Scully pense que Deep Throat joue avec Mulder. Celui-ci coupe court aux tergiversations de l'informateur : "Pour une fois, on ne va pas jouer à Obi-Wan Kenobi face à Luke." Qu'il dise franchement ce qui se passe. "N'abandonnez pas cette affaire, enjoint Deep Throat, croyez-moi, vous approchez du but."
Peu après, un homme aux cheveux en brosse à la recherche du fugitif abat le Dr Berube. Scully apporte des échantillons du travail du savant au Dr Carpenter, une chercheuse de Georgetown. Pour celle-ci, le Dr Berube était en train de cloner des bactéries, porteuses d'un virus, voisines des chloroplastes, des éléments constitutifs de la cellule végétale. Plus tard, elle annonce à Scully que leur ADN est doté d'un cinquième et d'un sixième nucléotide qui n'existent "nulle part dans la nature" et doivent être par conséquent, extraterrestres.
Entre-temps, Mulder, contacté par le fugitif, a découvert un hangar où cinq corps humanoïdes flottent dans des cuves emplies de liquides. En quittant les lieux, Mulder est pris en chasse par des hommes armés.
Scully présente ses excuses à Mulder. Pour la première fois, dit-elle, elle ne sait que croire. À leur retour au hangar, l'endroit est vide. Deep Throat explique que les humains dans les cuves étaient des cobayes d'une expérience sur un virus extraterrestre, menée par Berube sur des patients atteints de maladies incurables. On les a probablement fait disparaître, selon Deep Throat qui évoque "des lobbies au sein de nos très chers services secrets… Des groupes parmi les groupes qui ont des activités clandestines, inconnues de tous, même au plus haut de l'échelle". L'informateur affirme que le fugitif, le Dr Secare, est un des cobayes, et que les agents doivent le retrouver avant les autres.
De retour à Georgetown, Scully apprend la mort du Dr Carpenter et de sa famille dans un accident de voiture. Travaillant de son côté, Mulder localise Secare, mais celui-ci est tué - et Mulder, capturé - par l'homme aux cheveux en brosse.
Devant la disparition de Mulder, Deep Throat affirme qu'il peut faire accéder Scully à des tissus d'origine extraterrestre, qui serviront de monnaie d'échange pour sauver la vie de Mulder. Scully parvient à dérober un fœtus extraterrestre. Deep Throat insiste pour procéder lui-même, mais l'homme aux cheveux en brosse l'abat, tandis que le corps inerte de Mulder choit de la camionnette. Dans un dernier souffle, Deep Throat enjoint à Scully : "Ne faites confiance à personne."
Deux semaines plus tard, Mulder appelle Scully pour lui annoncer la fermeture du service des affaires non classées. Tous deux ont été mutés sur ordre des plus gros pontes du bureau exécutif. Mulder ajoute qu'il n'abandonnera pas - "aussi longtemps qu'ils cacheront la vérité". Comme lors du premier épisode, l'Homme à la cigarette pénètre dans une vaste salle de Pentagone et ajoute le fœtus extraterrestre à son inventaire.