BELLEFLEUR
OREGON

L'épisode commence par un enlèvement extraterrestre. On retrouve une jeune fille morte dans les bois d'Oregon. Dans le dos, elle porte deux mystérieuses blessures.

BUREAU DU FBI
WASHINGTON D.C.

Dana Scully, une doctoresse qui passé deux ans au FBI., rencontre ses supérieurs. L'un d'entre eux reste muet, caché dans l'ombre, écoutant en fumant. Ils demandent à Scully si elle a entendu parler de Fox Mulder, un psychologue qui a fait ses études à Oxford, le meilleur enquêteur criminel du bureau, mais auquel son obsession pour le paranormal a valu le surnom de Martien ("Spooky"). Mulder, expliquent-ils à Scully, a pris en charge les affaires non classées, en marge des compétences actuelles du Bureau. Ils demandent à Scully de devenir la nouvelle partenaire de Mulder et de rédiger un rapport sur la validité de ses travaux.

BUREAU DE FOX MULDER

Scully frappe à la porte du bureau de Fox Mulder. Une voix, de l'autre côté de la porte, lui répond:
"Sorry, there's nobody here but the FBI agent most unwanted."
Elle entre avec un sourire et tend sa main à l'homme qui est assis devant elle. Tout en se présentant, Mulder lui avoue qu'il a l'impression qu'elle est ici pour l'espionner. Il a déjà vérifié ses états de service, et mentionne son sujet de thèse: " Einstein et la courbure espace temps: nouvelle interprétation". Quand elle lui demande, un peu de mauvaise humeur, s'il a pris la peine de la lire, il lui assure que oui.
"Sauf qu'en général, dans mon travail, les lois de la physique sont rarement respectées", ajoute-t-il. Il finit par lui montrer le dossier sur lequel ils doivent enquêter: une série de meurtres d'adolescents en Oregon, dans le Dakota du Sud et au Texas que Mulder croit liés à des enlèvements et des expériences extraterrestres. Il termine la rencontre en disant qu'ils partent en Oregon le lendemain.

BELLEFLEUR
OREGON

Quatre membres d'une même classe ont été découverts morts près des bois, chacun porteur des deux marques caractéristiques dans le dos. Rendus sur place, Mulder et Scully assistent à l'exhumation d'un des corps trouvés. Dans le cercueil, ils découvrent une forme rabougrie, non humaine, presque simiesque. En performant une autopsie, Scully trouve un curieux objet métallique logé dans la cavité nasale.

Les deux agents rendent visite aux deux survivants du groupe: Billy Miles, le fils du shérif, qui est dans un état quasi végétatif et une jeune femme, clouée dans un fauteuil roulant. Mulder fait par à Scully de sa théorie d'enlèvement, tandis que Scully rétorque qu'il y a forcément une explication plus rationnelle.
Plus tard, lorsqu'ils reviennent vers le motel, des choses étranges se produisent. Les fonctions de la voiture (la radio, les essuis-glaces...) se sont mis à s'affoler, une lumière brutale les aveugle et neuf minutes s'écoulent de façon inexplicable. Au même instant, l'adolescente de la chaise roulante est retrouvée morte: elle a courut devant un camion...

MOTEL

Après avoir rédiger son rapport, Scully, prête à se mettre au lit, remarque sur son propre dos des blessures proches de celles qu'ils ont observées. Redoutant qu'elles ne soient de la même nature que celles découvertes sur la victime qu'elle a examinée, elle se précipite dans la chambre de Mulder. Après avoir observé attentivement ces marques, Mulder la rassure en lui disant que ce ne sont que des piqûres de moustiques.
Commençant à lui faire confiance, Mulder lui explique la source de ses obsessions - comment sa soeur a été enlevée à l'âge de huit ans, comment l'événement à déchiré sa famille. Ses réussites comme enquêteur et ses relations au Congrès, dit-il, lui ont permis de garder sa place et de continuer à son travail malgré tous les efforts faits pour lui mettre des bâtons dans les roues.
Une des adolescentes qui faisaient parti du groupe de Billy les appelle à ce moment-là et leur dit qu'elle a peur de ce qui peut lui arrivé. Mulder et Scully partent sur-le-champ la rejoindre au restaurant du coin. L'adolescente, Teresa, leur explique qu'elle a les deux marques dans le dos et que son l'assure qu'il ne lui arrivera rien. Il est certain qu'il saura la protéger, mais, elle, n'en n'est pas certaine et demande l'aide des deux agents. Son nez se met à saigner au moment où son père entre dans le restaurant pour la ramener malgré sa réticence.
Mulder et Scully retourne au motel qu'il trouve dévasté par un incendie. Toutes leurs preuves concernant le corps exhumé sont détruites, ce qui vient de justifier la paranoïa de Mulder.

HÔPITAL

Les agents retournent rendent visite à Billy. Scully examine ses pieds qui s'avèrent être plein de terre. C'est la preuve qu'il se promène dans la forêt malgré son état. Mulder et Scully enrichissent leur théorie: Billy est bel et bien la force qui a provoqué la série de morts. Les extraterrestres ont implanté un objet dans sa tête qui l'a plongé dans un léger coma, dont on peut l'éveiller au besoin.

FORÊT

Le soir même, les agents retournent dans la forêt pour y prendre un nouvel échantillon de terre. Ils rencontrent le père de Billy qui, lui, est justement à la recherche de Billy, disparu de sa chambre depuis peu. Une lumière éclatante leur parvienne derrière une hais d'arbres. Mulder et le shérif s'y précipitent pour trouver Billy qui tient Teresa dans ses bras au milieu de la lumière. Dans un éclair lumineux, l'adolescent redevient normal - les deux marques ont disparu.

SIÈGE DU FBI
BUREAU DE L'AGENT SPÉCIAL CHESTY SHORT

De retour à Washington, Scully est convoqué par ses supérieurs. Elle leur annonce qu'elle croit à la théorie de Mulder, mais qu'elle ne possède aucune preuve, sinon la dernière pièce à conviction: le cylindre découvert dans le nez du cadavre, que Scully avait conservé dans la poche de sa veste. Quand on l'interroge sur les convictions de son nouveau partenaire, Scully répond simplement: "Agent Mulder thinks that we are not alone in the Universe."

APPARTEMENT DE SCULLY
11: 21 PM