Le service des affaires non-classées est fermé. Mulder
se rend clandestinement à Porto Rico, sur un site de
contact éventuel, tantis que Scully fait son possible
pour le couvrir.

L'épisode s'ouvre par un commentaire en voix off sur la sonde Voyager, envoyée contacter d'autres vies intelligentes dans l'univers.
Sur Terre, avec le service des affaires non classées désormais fermé, les agents Mulder et Scully ont été mutés. Ils se rencontrent, de façon assez appropriée, dans le garage de l'hôtel Watergate. Pour Mulder, "il est plus que probable qu'on nous surveille". Il déplore qu'après tous ses efforts il n'ait toujours pas la moindre preuve concrète de l'existence des OVNIs. Il repasse dans sa tête l'enlèvement de sa soeur.
Convoqué à une entrevue avec le sénateur Matheson, qui l'a soutenu dans son travail, il se voit conseiller de se rendre sur un site de Porto Rico. Il ne disposera que de vingt-quatre heures pour aborder de possibles visiteurs extraterrestres, avant l'arrivée de la Brigade d'intervention ufologique.
"Que dois-je chercher ? demande Mulder.
- Un contact", lui répond le sénateur.
En apprenant la disparition de Mulder, Cigarette Smoking Man assure à Skinner : "Elle le retrouvera." Pour tenter d'aider Mulder, Scully s'introduit dans son ordinateur, en devinant son code d'entrée (TrustNo1 = trust no one). Elle se rend à San Juan et sème habilement les agents qui la filaient.
Mulder atteint enfin le site, et y découvre un homme terrifié, qui ne parle que l'espagnol et trace un visage d'extraterrestre sur le mur. On entend monter un bruit perçant. L'homme s'enfuit dans la jungle, où Mulder le retrouve, mort et tétanisé, tué par sa peur. Mulder confie au magnétophone à Scully qu'il n'a confiance "qu'en toi... et ils t'ont éloignée de moi".
Une lumière intense envahit la pièce, la porte verrouillée s'ouvre brusquement. Mulder discerne la silhouette gracile d'un extraterrestre dans la blancheur. Quand Scully arrive à son tour, Mulder gît à terre, inconscient. Il affirme que les bandes et les sorties papier des ordinateurs prouveront la réalité de cette rencontre du troisième type. Mais soudain surgit la Brigade d'intervention ufologique. Mulder et Scully n'ont d'autre choix que de fuir.
De retour à Washington, Mulder subit les remontrances de Skinner, qui lui reproche d'avoir abandonné ses tâches moins excentriques. "C'est terminé pour vous et vous partirez sans rien", annonce Cigarette Smoking Man à Mulder. Mais Skinner intervient et le chasse sans aménité de la pièce. Mulder découvre que la bande avec laquelle il s'est enfui est effacée. Il n'a toujours pas de preuves. "Je n'ai peut-être plus les affaires non classées, mais j'ai toujours mon travail. Et puis, je t'ai toujours, toi, et j'ai toujours ma vie."