En 1985, nous voyons Duane Barry se faire capturer par des extraterrestres. "Non ! Non ! Arrêtez ! " hurle-t-il tandis que son corps s'élève lentement au-dessus du lit.
Retour au présent. Barry est détenu dans un centre de traitement pénitentiaire, et répète qu'ils vont revenir et l'enlever. S'emparant de l'arme d'un garde, il prend un docteur et trois autres personnes en otage. Il veut que le docteur l'accompagne sur le site de l'enlèvement, et constate qu'il sit vrai.
Mulder intervient pour participer aux négociations. Lorsque l'électricité est brusquement coupée, Barry tire au jugé, blessant un otage. Mulder pénètre dans le bâtiment avec un infirmier. Tandis que l'agent discute avec lui, Barry revoit les circonstances de son enlèvement et les expériences auxquelles il a été soumis. Il accepte de libérer le blessé en échange de Mulder.
Scully fait des recherches sur le passé médical de Barry. Elle apprend que cet ancien agent du FBI s'est fait tirer dessus en service. Le centre moral de son cerveau a été détruit. Il est à la fois mythomane et violent. "Duane Barry n'est pas ce que Mulder croit qu'il est", annonce-t-elle aux autres agents, terriblement inquiète.
Barry explique à Mulder que le gouvernement est au courant de son enlèvement, et il décrit le site avec force détails. Scully réussit à avertir Mulder de la psychose de Barry grâce à l'oreillette que porte l'agent. Finalement, un tireur d'élite du FBI réussit à mettre Barry en joue et le blesse.
Les premiers examens semblent corroborer les histoires d'enlèvement de Barry. On met en évidence des morceaux de métal aux dessins étranges dans son abdomen et ses sinus, ainsi que des trous minuscules forés dans ses dents. Au supermarché, Scully, obéissant à une inspiration subite, passe au scanner le morceau de métal trouvé dans l'estomac de Barry. La machine s'affole. Barry reprend conscience avec un sursaut, assomme un garde et quitte l'hôpital.
Scully appelle Mulder et laisse un message sur son répondeur ; à propos du scanner. "C'est très étrange, Mulder. C'est comme si quelqu'un avait catalogué Duane à l'aide de cet objet." Soudain, Barry apparaît à la fenêtre. Un bruit sourd, et on entend Scully appeler à l'aide.