Scully réapparaît, vivante, mais dans le coma, et Mulder
doit se battre pour la sauver.

L'épisode s'ouvre sur les souvenirs de la mère de Scully, qui revoit l'enfance de sa fille, toujours portée disparue. De retour au présent, Mulder insiste : ils ne doivent pas perdre espoir. Et Scully réapparaît mystérieusement, dans un hôpital de Washington. Elle est vivante, mais plongée dans le coma. "Qui l'a amenée ici ? " demande en vain Mulder.
Dans des scènes au climat irréel, nous voyons l'âme de Scully assise dans une barque ancrée à peu de distance de la berge. Une inconnue et son père tentent de la persuader de revenir. Mulder, pendant ce temps, s'éclipse avec la fiche médicale de Scully et va la montrer aux Lone Gunmen. Selon eux, on a manipulé l'ADN de Scully. Quand il revient à l'hôpital, un homme s'empare d'un échantillon du sang de Scully. Mulder se jette à sa poursuite et se retrouve face à X. "La vérité, vous savez combien ça coûte, agent Mulder ? " demande X, avant de procéder à une véritable exécution en règle, en abattant le voleur de sang froid.
Ailleurs, Cigarette Smoking Man avertit Skinner. S'il ne réussit pas à calmer Mulder, c'est lui qui s'en chargera. Une inconnue permet à Mulder d'aller retrouver Cigarette Smoking man, que l'agent met en joue. "J'ai vu mourir des présidents", dit celui-ci, et quand Mulder menace de l'abattre, il ajoute : "Je n'en ai que plus de respect pour vous, Mulder. Vous me battez à mon propre jeu."
Se sentant toujours responsable de la condition actuelle de Scully, Mulder présente sa démission. Mais Skinner, après lui avoir raconté une brève expérience qu'il a vécue au Viêt-nam, lui répond : "Votre démission est inacceptable. " X réapparaît et arrange un guet-apens pour que Mulder ait la possibilité de se venger des ravisseurs de Scully. Pourtant, sur les insistances de Mélissa, la sœur de Scully, Mulder y renonce pour aller veiller sa collègue à l'hôpital. À son retour, il retrouve son appartement sens dessus dessous.
Scully sort du coma et voit Mulder à ses côtés. "C'est ta confiance qui m'a permis de revenir", lui dit-elle. Mulder lui rend sa croix d'or, et Scully apprend que l'infirmière qui lui parlait avec tant de constance pendant son coma, qui l'a aidée à en émerger, n'a jamais fait partie du personnel de l'hôpital.