Mulder remonte la piste du tueur à gages extraterrestre qui a
capturé Scully. Par ailleurs, il découvre que sa sœur lui
cache peut-être quelque chose.

Un sous-marin de la marine rencontre un étrange vaisseau. Après avoir fait feu sur lui, il est secoué par une immense onde de choc.
Suite de l'épisode précédent : Scully comprend que l'homme qui est avec elle n'est pas Mulder. Elle le met en joue, mais le pilote détourne l'arme sans difficulté et la prend en otage. Il espère l'utiliser pour récupérer Samantha qui, de son côté, a révélé que le seul moyen de tuer son poursuivant était de lui percer la nuque.
Les clones, explique-t-elle, sont les descendants de deux visiteurs venus dans les années quarante. Ils tentent de créer une colonie terrestre en se fondant génétiquement dans la foule des humains. Ils travaillent dans les cloniques spécialisées dans les avortements pour se procurer facilement des tissus foetaux. Mais l'expérience n'a pas été autorisée, et le tueur à gages a été envoyé pour éradiquer les colons.
Une échange est décidé, il aura lieu sur un pont de Bethesda. Mulder demande le renfort de Skinner. "J'ai besoin de votre aide - de votre confiance - , il y a urgence", confesse-t-il. Tandis que Mulder se prépare à donner Samantha pour récupérer Scully, Skinner attend à peu de distance en compagnie d'un tireur d'élite. Mais le tueur à gages empoigne Samantha et tous deux se précipitent dans l'eau, sous le pont.
Bouleversé, Mulder va avouer à son père que Samantha a de nouveau disparu. Mais elle lui avait laissé des instructions, en cas de séparation, lui fixant rendez-vous dans un clinique. Là, Mulder rencontre plusieurs clones de Samantha : la femme qui se faisait passer pour sa soeur le manipulait à des fins personnelles. Elles reconnaissaient qu'elles ont trompés Mulder, mais également que Samantha est encore vivante. C'est alors que le tueur à gages arrive. Mulder est assommé. Quand il revient à lui, la clinique est la proie des flammes et les clones ont disparu.
X révèle à contrecoeur qu'on a localisé l'engin du pilote en Arctique. Une flotte de guerre armée a été envoyée pour l'empêcher de repartir. Scully trouve un mot de Mulder. Il est parti pour une destination inconnue et ne tient pas à ce qu'elle en sache davantage. "Je ne te laisserais pas risquer ta vie et ta carrière. "
Comprenant quel danger il affronte, Scully va solliciter l'aide de Skinner et lui demande s'il y a moyen de localiser Mulder par des voies non officielles. Puis elle rencontre X. Celui-ci refuse de lui dire un mot, mais se retrouve face à Skinner. "Lui avez-vous dit ce qu'elle voulait savoir ? " demande-t-il sèchement, et il engage une bagarre brutale avec X avant que ce dernier ne tire son arme, et ne la pointe sur la tête de Skinner.
" J'ai déjà tué pour beaucoup moins que ça.
- Tuez-moi et vous tuer deux hommes en même temps", réplique Skinner.
Quelques instants plus tard, il apporte à Scully l'information qu'elle cherchait et grantit qu'il l'a obtenue par des vois non officielles.
Mulder retrouve le sous-marin dans l'Arctique, ainsi qu'un soldat à bord, en réalité le tueur à gages. Ce dernier se joue littéralement de Mulder et lui demande : "Si je décide de répondre, il vous faudra mourir. Ça en vaut la peine ? " Mulder s'obstine et le pilote finit par lui confirmer que sa soeur est encore vivante. "Et toi, je dois te tuer", achève-t-il en l'abandonnant sur la banquise, tandis que le sous-marin s'enfonce sous la glace.
Retour au prologue de "Colony". Scully se précipite aux côtés de Mulder, et utilise ce qu'elle a appris sur le rétrovirus extraterrestre pour le sauver. "En fin de compte, déclare-t-elle en vois off, c'est toujours la science, et elle seule, qui a sauvé l'agent Mulder." Mulder s'éveille, découvre Scully à son chevet et lui dit qu'il a enfin retrouvé ce qu'il a longtemps cherché : le besoin de comprendre".