Mulder et Scully enquêtent sur des enlèvements d'animaux dans
un zoo proche d'un site où se multiplient les apparitions d'OVNIs.

Une force invisible fracasse des vitrines, broie des voitures et projette au loin un ouvrier qui est tué. Plus tard, une éléphante apparaît brusquement sur la route - à quatre-vingts kilomètres du zoo où elle était enfermée dans une cage. On la retrouvera mourante.
Pour Mulder, tous ces dégâts ont été causés par un éléphant invisible. Au zoo, Scully et lui rencontrent le chef des opérations, Ed Meecham, et Willa Ambrose, qui a été engagée à un poste supérieur à celui de Meecham ; et Kyle Lang, du PRN, un groupe consacré à la libération des animaux de cirque et de zoo.
Mulder tient une téléconférence avec les Lone Gunmen, qui explique que le zoo est situé à proximité d'un lieu réputé pour la fréquence des apparitions d'Ovnis, et qu'aucun animal n'y a jamais mené une grossesse à terme.
Scully, pendant ce temps, soupçonne une intervention du PRN et suit un de ses membres jusqu'au zoo où, dans une lumière éblouissante, le tigre se retrouve soudain en dehors de la cage. L'homme est tué à coups de griffes par un agresseur invisible.
Mulder suggère d'interroger Sophie, le gorille d'Ambrose, qui s'exprime grâce au langage des signes américain. L'anthropoïde répète sans cesse : "Lumière, peur." Sur les instances de Mulder, une autopsie est conduite sur le cadavre de l'éléphante qui - alors qu'elle n'a jamais subi d'accouchement - était gravide. "Impossible", selon Ambrose. Pourtant, on constatera la même chose sur le corps de la tigresse, qui réapparaît à l'autre bout de la ville et que Meecham est forcé d'abattre. Après tant d'incidents, il faut fermer le zoo.
Pour Mulder, les animaux sont enlevés par des extraterrestres et inséminés artificiellement. Les embryons sont récupérés avant qu'on ne restitue les bêtes. Bien que Sophie n'ait jamais été fécondée, quand on l'interroge, elle exprime sa crainte : "Bébé voler dans lumière."
Sophie est mise sous séquestre pour être transférée dans son pays d'origine, et Ambrose va demander le concours de Kyle. Initialement, celui-ci refuse, mais il se rend cette nuit-là à la cage de Sophie, où il est tué par la chute d'un caisson. Mulder suit Meecham, qu'Ambrose a payé pour kidnapper Sophie. Lorsque Mulder se retrouve enfermé dans une pièce en compagnie de l'anthropoïde terrorisé, la bête charge. Groggy, l'agent voit l'animal disparaître dans une lumière aveuglante. Ambrose traduit les signes finaux de Sophie par "Homme sauver homme".
Sophie réapparaît à des kilomètres de là et se fait renverser par une voiture. Meecham et Ambrose sont inculpés d'homicide pour la mort de Kyle, et Mulder médite sur la signification de ces enlèvements et de l'ultime message de Sophie. À la vitesse où disparaissent les espèces animales, se demande-t-il, s'agirait-il d'une entreprise de préservation par les extraterrestres ? "Et, songe-t-il, pour employer les termes d'une créature dont l'avenir est menacé, l'homme sauvera-t-il l'homme ? ".