Jonathan Rhys Meyers nasceu dia 27 de Julho de 1977 em Dublin, Irlanda. Ele e sua família se mudaram para o Condado de Cork quando ele tinha menos de um ano. Com 3 anos de idade seu pai abandonou a família, deixando sua mãe para cuidar de Jonny e seus três irmãos mais novos sozinha.

Rhys Meyers teve uma infância tumultuada, passando algum tempo em um orfanato e sendo permanentemente expulso da escola quando tinha 16 anos. Feliz por estar fora da escola, ele começou à passar tempo em um clube de sinuca local, onde foi descoberto pela Hubbard Casting. Os agentes de escolha de elenco estavam procurando por um talento para a produção de David Puttnam, War of the Buttons (1994) e pediram à Rhys Meyers para aparecer para um teste. Depois de três dias de testes, no entanto, ele não conseguiu o papel e desistiu de sua aspiração por atuar. Logo depois ele recebeu uma ligação para um teste para um comercial nacional de sopa Knorr, e apesar de embaraçado com a atenção que o comercial recebeu, ele passou à ser considerado para filmes à partir daí. Sua estréia no cinema foi uma pequena participação no filme "A Man of No Importance" (1994) onde aparece nos créditos como Primeiro Jovem.Seu primeiro papel principal foi no filme "The Disappearance of Finbar" (1996). Durante seis meses de atraso na produção, ele retornou para casa em Cork e lá recebeu uma ligação sobre o filme "Michael Collins" (1996). Ele viajou à Dublin para conhecer o diretor Neil Jordan e com sucesso ganhou o papel do assassino de Collins. Jordan escreveu sobre sua reunião com o ator: "Eu encontrei alguém para o papel de assassino de Coliins. Jonathan Rees-Myers (sic), do Condado de Cork aparentemente, que parece com um jovem Tom Cruise. [Ele] Vem à sessão de escolha de elenco com certeza alarmante. Obviamente talentoso".

Rhys Meyers continuou trabalhando constantemente à partir daí, em filmes como The Maker (1997), Telling Lies in America (1997), The Tribe, (1998) (TV), The Governess (1998), B. Monkey (1998), Titus (1999) e Ride with the Devil (1999/I). Recebeu críticas favoráveis por várias performances, mais notadamente como Brian Slade em Velvet Goldmine (1998), como Steerpike na minissérie britânica "Gormenghast" (2000) e como um simpático técnico de futebol em Driblando o Destino (2002). Rhys Meyers é também um talentoso cantor e músico, tendo usado seu próprio vocal em "Velvet Goldmine" e aparecendo na trilha do filme. Rhys Meyers ainda vive no Condado de Cork, na Irlanda.

Cantou algumas das músicas que aparecem em Velvet Goldmine (1998).

É tio de Dylan, filho de seu irmão.

Tem três irmãos mais novos: Jamie, Paul and Alan.

Nasceu com um problema no coração e foi batizado rapidamente, pois achavam que não viveria muito tempo.

Tem um cavalo chamado Belle.

Escolhido pela revista Cosmopolitan como o 34º Homem Mais Sexy do Mundo [1998].

Mudou seu sobrenome quando começou à atuar, usando o nome de solteira de sua mãe, Meyers.

"Rhys" é pronunciado "reese."

Foi escolhido entre 200 atores para o papel de Elvis Presley

Para evitar os personagens de garotos andróginos drogados e fracos para os quais vinha sendo escalado, ele passou por um regime para entrar em forma em 2004 e ganhou e manteve cerca de 10 quilos à mais de músculos para poder ser considerado para papéis mais masculinos.

Faz uma ótima imitação de seu diretor em Match Point (2005), Woody Allen

Indicado como um dos Solteiros Mais Sexy de 2006 pela revista People.