- Secuenciación del genoma clamidial:

  El genoma de C. trachomatis secuenciado consiste de un cromosoma de 1.042.519 pares de bases  (58.7%  A+ T)  y un plásmido de 7.493 pares de base.  El análisis del genoma clamidial resultó en la identificación de 894 probables genes que codifican para proteínas. Búsqueda similar permitió la asignación de 604 (68%) proteínas codificadas, y 35 (4%) fueron similares a hipotéticas proteínas depositadas por otras bacterias. Las remanentes 255 (28%) proteínas predecidas no fueron similares a otras depositadas en el Gen-Bank.  Agrupándolas por su similitud en la secuencia, se vio que 256 (29%) proteínas clamidiales entraban dentro de 58 familias de genes similares dentro de su genoma, como lo que se observa en otras bacterias con genomas relativamente pequeños semejantes a los de Micoplasmas y Haemophilus influenzae.
  Por años se creyó que las Clamidias no poseían escasas enzimas claves y maquinaria celular para la generación de ATP, en lugar de tomar los nucleósidos trisfosfátos del húesped por mecanismos de translocación. La nueva secuencia revela dos potenciales ATP/ADP translocasas, pero esto también identifica genes que pueden permitir a las Clamidias generar al menos mínimas cantidades de ATP por si mismas.
 La deficiencia de peptidoglicano se cree que es compensada por una única unión cruzada de puentes disulfuro, la cuál le provee la estabilidad estructural que normalmente le da el peptidoglicano. La secuencia ha revelado el sorprendente resultado de que las Clamidias realmente tienen un completo complemento de genes para la síntesis de peptidoglicano. Pero la pregunta es: ¿Cuánto peptidoglicano es hecho y con qué propósito?
 Los genes que codifican para una potencial estructura de superficie,un tipo III de aparato de secreción, fueron también encontrados. Los sistemas de secreción tipo III no solo permiten exportar proteínas fuera de bacterias Gram negativas sino también facilitan la entrada de proteínas exportadas dentro de la célula húesped con la cuál la bacteria hace contacto. La secreción de tipo III es común a muchos patógenos Gram negativos de plantas y animales, y permite a la bacteria invadir células huésped o a superar los mecanismos de defensa del huésped. Son conservados los genes estructurales y aquellos para el ensamblaje del aparato, pero los sustratos, los cuales son secretados directamente dentro de las células eucarióticas húesped, tienden ser únicas de las especies.
  Varios genes que se creen que están presentes en todas las bacterias no fueron encontrados. Tal ves el más intrigante descubrimiento de estos microbiólogos evolucionistas es que las Clamidias aparecen como haber adquirido un número inusual de genes eucarióticos, 20 o más, en comparación con los 3 o 4 en otras bacterias cuyos genomas también han sido secuenciados. Muchos de estos genes se parecen mucho más a aquellos de plantas que a aquellos de animales.