RISORSE DI MICROBIOLOGIA SU INTERNET

Gianfranco Bruno

Laboratorio analisi chimico-cliniche e microbiologiche-Ospedale S.Salvatore Coppito (L’Aquila)

e mail: supergiaf@concento.it

Il mondo della comunicazione e dell’informazione ha subìto negli ultimi anni un incredibile sviluppo soprattutto grazie al nuovo fenomeno mondiale noto genericamente sotto il nome di Internet.

Ma cosa sia nella realtà Internet è difficile da spiegare in poche frasi, soprattutto senza il supporto di esempi pratici. Semplificandone la rappresentazione si possono evidenziare due aspetti: uno riguardante il lato tecnico e l’altro quello informativo.

Dal punto di vista tecnico con il termine Internet si identifica la rete di computer dislocati in tutta la superficie terrestre, fisicamente collegati tra di loro, che permettono in tempo reale lo scambio di informazioni tra utenti, definiti allegoricamente ‘navigatori’, situati in ogni parte del globo terrestre.

E’ un sistema attivo 24 ore al giorno per 365 giorni l’anno che supera i confini dettati da fusi orari e limitazioni politico-geografico-culturali gestito in maniera autonoma da migliaia di tecnici.

Questa rete ‘tesse’ su nazioni e continenti una vera e propria ragnatela di cavi che normalmente viene indicata con il termine inglese ‘Web’. Data poi la sua estensione la ‘rete’ viene definita mondiale o meglio World-Wide: ecco spiegato allora l’acronimo WWW che ormai è entrato a far parte non solo della nostra ma anche della maggior parte delle lingue mondiali.

Su questa rete mondiale è sembrato logico inserire nel tempo una mole incredibile di informazioni tecniche, commerciali, culturali e di ogni varia natura, dedicate a professionisti e dilettanti, ad appassionati o curiosi, complete ed interessanti o, a volte, superficiali o poco significative.

Per avere una idea concreta della velocità e praticità di questo servizio (molto piu’ economico negli USA che in Italia), nell’ambito della ricerca biomedica , possiamo fare questo esempio tratto dall’esperienza personale: fino a qualche anno fa chiunque fosse interessato a compiere una ricerca bibliografica sulla banca dati denominata Medline doveva rivolgersi a una biblioteca di una facoltà di Medicina. Se non era uno studente o uno specializzando doveva procurarsi una autorizzazione firmata da un docente universitario. Con questa autorizzazione prendeva appuntamento per la ricerca in biblioteca. Fissato l’appuntamento, dopo qualche giorno,un addetto al servizio , in nostra presenza, preleva i CD Rom che si riferivano agli anni interessati e iniziava al computer la ricerca che si concludeva in genere con la stampa degli abstracts. Oggi chiunque abbia accesso da casa a Internet , tramite un programma denominato browser, puo’ collegarsi direttamente al sito http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/

gestito dalla National Congress Library .Questo sito è considerato il migliore motore di ricerca delle citazioni su Medline, accessibile tutto l’anno in ogni ora del giorno e della notte. Qui si possono fare ricerche di articoli di interesse biomedico dal 1966 ad oggi, si possono stampare gli abstracts trovati e anche richiedere gli articoli originali. Questo ultimo servizio è però ancora molto costoso e non sempre efficiente.

Cominciamo la nostra navigazione nei siti di interesse microbiologico dalla home page di "The Microbial underground " [http://www.medmicro.mds.qmw.ac.uk/underground/index.html]

gestito e ideato da Mark Pallen, senior lecturer in microbiologia medica al St Bartholomew’s e Royal London School di Medicina e Odontoiatria a Londra. Il sito si divide in quattro parti.1)Microbiology on the net, 2)Molecular biology on the net, 3)Medicine on the net e 4)Bacteriology course ,un delizioso corso di batteriologia on line. Le prime 3 parti sono un elenco amplissimo di links e ci danno un’ idea dell’enormemole di informazioni (quasi tutte in lingua inglese) che troviamo nella rete..

Il Dipartimento di microbiologia medica del St Bartholomew’s e London School of Medecine and Dentistry ha un proprio sito [http://www.medmicro.mds.qmw.ac.uk/ ]

nella cui home page c’è un link che ci incuriosisce molto il C. jejuni genome website

[http://www.medmicro.mds.qmw.ac.uk/campylobacter/]

che rimanda a sua volta al sito del Sanger Centre [http://www.sanger.ac.uk/] ,

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un centro per la ricerca sul genoma umano e batterico. Dal link sul genoma di C. jejuni [http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_jejuni/] veniamo a sapere che il sequenziamento genico di C. jejuni ceppo NCTC 11168 è terminato. La sequenza genica è ottenibile al sito FTP ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/pathogens/cj/. A sinistra del logo del C. jejuni genome website su Information troviamo una sintetica presentazione di questo batterio emergente con numerosi links :da quelli che danno una informazione generale a quelli sul ruolo di C. jejuni nelle gastroenteriti trasmesse con gli alimenti , la sua genetica e biologia molecolare,l’ epidemiologia e il suo rapporto ancora misterioso con la sindrome di Guillain-Barrè. C. jejuni è un batterio gram negativo. Che cosa significa gram negativo? Ce lo spiega in maniera esauriente il sito http://www.meddean.luc.edu/lumen/DeptWebs/microbio/med/gram/tech.htm

che tratta di questa colorazione fondamentale in batteriologia: principio, procedura e interpretazione. Bello lo slide show con 16 immagini batterioscopiche [http://www.meddean.luc.edu/lumen/DeptWebs/microbio/med/gram/slides.htm ].

Ritornando alla home page del " Microbial underground " è spiegata l’origine di questo curioso nome. Mark Pallen, con umorismo inglese, ci enumera le traversie avute per appoggiare questo sito a un server universitario. L’idea all’inizio fu accolta con ostilità perché sovvertiva la politica del Dipartimento di biochimica dell’Imperial college. Passato a un altro server di un altro dipartimento , le continue censure costrinsero il sito a muoversi al server del Queen Mary West Field College nell’estate del 1995.Questo sito, confessa M. Pallen, uno dei microbiologi piu’ esperti del mondo di Internet , nonostante abbia molti contatti, non viene aggiornato di continuo dati gli altri gravosi impegni che intende sviluppare sulla rete. Comunque il suo corso on line di batteriologia è un piccolo gioiello di sintesi e originalità didascalica[http://www.medmicro.mds.qmw.ac.uk/underground/intro.html]

In una precedente versione di questo corso introduttivo c’era questa bellissima frase tratta da un proverbio della Crimea (sic!) :"uno studente non è un vaso da riempire, ma una torcia da mantenere accesa!" Purtroppo la promessa di completare il corso non è stata mantenuta durante questi anni (dal 1995).Pertanto sono attivi solo 4 moduli dei 7 in programma. E’ un peccato perché la semplicità, la chiarezza espositiva , la freschezza della grafica , il buon uso della ipertestualità sonoeccellenti.

Nella home page http://www-micro.msb.le.ac.uk/

del Dipartimento di Microbiologia e Immunologia della Leicester University troviamo un link a un sito di esercizi di microbiologia il Lab work [ http://www-micro.msb.le.ac.uk/LabWork/LabWork.htm ].

.Esso contiene una serie di esperimenti molto interessanti fra i quali la colorazione di Gram , la curva di crescita batterica, la differenza di dimensioni fra batteri e virus. Purtroppo addentrandoci nell’esperimento abbiamo avuto la sgradita sorpresa che Lab Work non è completamente gratuito :per accedere a tutti gli esperimenti completi bisogna spendere $45 usando una carta di credito.

Fra i siti mondiali di microbiologia e malattie infettive che segnala The microbial underground nella sezione microbiology on the net consigliamo http://www.suite101.com/welcome.cfm/microbiology

di Neal Rolfe Chamberalin: ovvero tutto quello che volevi sapere sulla microbiologia ma non osavi chiedere. Il sito ha anche un motto:" Benvenuto e pensa microbiologicamente!" La home page si presenta con una veste grafica molto interessante ed è ospitata da www.suite101.com che offre spazio gratuito per i propri associati. Nel sito troviamo ogni settimana un piccolo sondaggio .Noi abbiamo risposto a quello che chiedeva se Antony Van Leuwenhoek avesse inventato il microscopio. Il 75% aveva risposto con un si, il 25% con un no o non so. C’è una sezione con articoli recenti di attualità microbiologica e una sezione molto valida dove si discutono svariati argomenti in un forum il cui accesso è libero previa iscrizione .Questo sito ha numerosi links ad altri siti con la caratteristica che ad ognuno è dato un voto da 1 a 5 stelle con un breve commento .Il prof .Chamberlain , professore associato al Kirksville College di medicina osteopatica, gestisce un altro sito di Microbiologia che consigliamo di visitare [http://geocities.datacellar.net/CapeCanaveral/3504/ ].

.Il sito è organizzato come una raccolta di lezioni tenute da Chamberlain e altri docenti e messe in rete. Tra l’altro notiamo subito la galleria fotografica dei batteri patogeni.

Fra i siti a cinque-stelle consigliati navighiamo su Cells alive![ http://www.cellsalive.com/] .

Questo sito dimostra che la microbiologia su Internet non è solo parole e immagini ma anche suoni e filmati. Gli autori di questo splendido sito hanno lavorato bene per fare della microbiologia un insegnamento divertente e semplice da capire. Da questo sito abbiamo scaricato il filmato che mostra come Escherichia coli, dato un ambiente adatto alla crescita, si divide e forma una colonia di centinaia di batteri in poche ore , l’azione della penicillina sulla cellula batterica e quello in cui da una oocisti di Criptosporidium parvum si liberano 4 sporozoiti con tanto di effetto sonoro. Sono filmati di appena 15 secondi ma che rimangono impressi.

Un sito originale è Bugs in the news![ http://falcon.cc.ukans.edu/~jbrown/bugs.html ]con le sezioni per i curiosi, per i curiosi e interessati e per i curiosi, interessati e tutti quelli che amano andare oltre la superficie delle cose (to like to more than scratch the surface).

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" Microbiology 101 Internet Text" [http://www.wsu.edu/~hurlbert] di R. E. Hurlbert (Washington State University) è un impressionante corso di base di Microbiologia che comprende i seguenti argomenti principali: eucarioti e procarioti, la cellula batterica (anatomia, nutrizione, metabolismo), genetica batterica ed ingegneria genetica, i virus, patogenicità microbica, immunità aspecifica e specifica, malattie a trasmissione sessuale, microbiologia delle acque, microbiologia degli alimenti e microbiologia industriale.
L'obbiettivo principale dichiarato dall'autore è l'estensione del metodo scientifico e della conoscenza biologica di base verso lettori non necessariamente tecnici per renderli edotti con semplicità sull'universo dell'invisibile, con un atteggiamento romantico-democratico tipicamente americano e con un uso disinvolto e informale di internet. Hurlbert tratta i vari argomenti utilizzando un linguaggio elementare, talvolta gergale, con il frequente ricorso ad esempi d'effetto come barzellette, aneddoti, riferimenti a clamorosi fatti di cronaca. La lettura risulta nel complesso piacevole, spesso divertente e talvolta avvincente. Qualunque lettore voglia chiarimenti o intenda offrire suggerimenti è invitato dallo stesso autore a mettersi in contatto via E-mail, con promessa di una rapida risposta. I diversi temi sono a prima vista affrontati in modo sbrigativo (qua e là si possono trovare imprecisioni, mai inesattezze) ma spesso e, soprattutto per la parte riguardante la Virologia, la possibilità di "cliccare" sui numerosi siti di consultazione proposti consente i necessari approfondimenti. La ricchezza delle estensioni attivabili a partire da "Microbiology 101" è molto ampia e ben organizzata nella simbologia, cosicchè le informazioni aggiuntive reperibili all'interno dello stesso sito sono facilmente distinguibili da quelle ottenibili da siti esterni.
In "Microbiology 101" è possibile trovare numerosi riferimenti bibliografici e, soprattutto, molti indirizzi da utilizzare come spunto di riflessione su temi di ampio respiro (i fini della ricerca scientifica, il metodo scientifico, la bioetica, ecc.) che sono molto congeniali all'autore, come si evince dal capitolo "Evolution & life".
L'aspetto iconografico (gerarchizzazione dei titoli, uso del colore, evidenziazione dei vari aspetti connessi ad altri siti, illustrazioni, ecc.) è molto curato soprattutto nei capitoli riguardanti la Batteriologia, la Virologia e la Genetica, da dove è possibile consultare altri siti per l'esame di disegni, illustrazioni e schemi aggiuntivi. Di particolare effetto sono i disegni animati, il cui interesse è però limitato dal tempo richiesto per la loro attivazione (anche 1-2 ore).
Oltre a fornire indicazioni per l'esecuzione di alcune semplici esercitazioni pratiche relative alla coltivazione di batteri e virus, "Microbiology 101" offre l'interessante possibilità di effettuare direttamente "on line" alcuni esperimenti "virtuali". Questi sono organizzati in modo tale che il lettore, dopo aver appreso gli obiettivi e le fasi di un esperimento, può eseguirlo procedendo per tappe, ciascuna delle quali caratterizzata da risoluzioni multiple tra cui una sola corretta, fino al raggiungimento del risultato finale ed eventuale conseguimento di un giudizio di merito.
Infine, di una discreta utilità è la possibilità di accedere, al termine di ogni capitolo, ad un nuovo sito per eseguire test di autovalutazione.
Nel complesso, per l'approccio seguito, gli argomenti trattati e il loro approfondimento, "Microbiology 101" è utilizzabile soprattutto dagli studenti del Diplomi Universitari per la preparazione della parte generale della Microbiologia ed in particolare per i temi riguardanti la Batteriologia, la Virologia e la Genetica e alcuni aspetti della Microbiologia applicata (controllo microbiologico dell'ambiente e degli alimenti, produzione di sostanze alimentari e non da parte di microorganismi, biorisanamento). Per avere  una idea della grandezza di questo corso basti pensare che per stamparlo abbiamo impiegato quasi una settimana per oltre 1000 pagine!

Su Internet possiamo richiedere anche testi di microbiologia medica su CD Rom come su http://www.utmb.edu/medmicro/ la 4a edizione del Medical Microbiology dell’Università del Texas a Galveston a 9,95$ circa 17.000 lire ,spese di spedizione incluse.

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Cerchiamo allora altri corsi gratuiti on line e arriviamo alla sezione Corsi nella home page http://www-micro.msb.le.ac.uk/ della Università di Leicester con un corso di Microbiology I [http:// www-micro.msb.le.ac.uk/210/BS210.html ], Microbiology II [http://www-micro.msb.le.ac.uk/224/BS224.html].Altri corsi on line disponibili su questo sito sono infezione e immunità , microbiologia ambientale, virologia,]ancora un altro corso su infezione e immunità .Molto bella la iconografia del corso di Virologia.

l’Introduzione alla microbiologia clinica [http://medic.med.uth.tmc.edu/path/00001450.htm] è un discreto corso della università del Texas che si divide in 3 parti:la cellula batterica, i metodi di laboratorio e la tassonomia. La tassonomia copre tutti i batteri di interesse clinico. Di ognuno c’è una sintetica descrizione.

Piu’ interessante la sezione dei metodi di laboratorio con i principali test biochimici , i mezzi di coltura e le tecniche di colorazione. Buono è il sito del dipartimento di Batterriologia dell’Università del Wisconsin [http://www.bact.wisc.edu/bacthomepage.html] .Microbiology for the general public è la sezione che piu’ ci interessa .Bacterial structure spiega molto bene la struttura e la funzione della cellula batterica. Diseases causing microbes sono lezioni da " Microbiology 330 "[http://www.bact.wisc.edu/bact330/bact330homepage] con links su argomenti concernenti i principali batteri patogeni le endo e esotossine da loro prodotte.

Riportiamo in inglese gli obiettivi del corso: The objectives of this course are to better understand the structural and functional attributes of bacteria that relate to their ability to live in intimate associations with animals, which includes their potential to produce infectious disease. From the standpoint of practicality, knowledge of this material can be related to understanding the cause, pathogenesis, spread, treatment, and prevention of microbial diseases of animals. However, it must be kept in mind that this is primarily a bacteriology course taught and taken by bacteriologists with the main objective of understanding bacteria….Three Examinations will be given during the semester (see attached schedule). Each examination is cumulative, meaning that it covers material from the beginning of the course. Each counts one quarter of the total grade. The term paper grade counts the remaining one quarter of the final grade. There is no final examination in the course.

Ottimo dal punto di vista didattico è il sito "Activities exchange" [ http://www.gene.com/ae/BF/bf05/ ] che presenta il Bioforum, una serie di lezioni presentate dalla accademia californiana delle scienze .Scopo di questo forum è condividere i risultati della loro ricerca con gli inseganti di biologia della high school.Il sito è una partnership fra "Access excellence "e l’Accademia californiana delle scienze. Di interesse è la lezione sui microbi, la loro diversità, l’azione degli antibiotici e i meccanismi della resistenza agli antibiotici. C’è anche un forum per scambiare idee e fare domande, ma l’iscrizione a questo forum si ottiene previo pagamento.

C’è in Internet un sito che riunisce tutte le risorse di Microbiologia? " The Microbial network" [http://microbiol.org/ ]

ha l’ambizioso progetto di riunire in un unico sito tutte le informazioni di interesse microbiologico, links a siti di università, governativi, privati, , riviste on line, newsgroups, mailing lists, forum, libreria file ecc .La home page ha un bell’aspetto con le doppie eliche del DNA ai lati dell’intestazione. Lo scopo di questo sito è quello di avere "una risorsa comunicativa per il microbiologo. L’obiettivo di questo servizio è quello di incoraggiare lo scambio di idee all’interno della comunità internazionale dei microbiologi e dei biotecnologi. Questo scambio è realizzato con la promozione attiva dei gruppi di utenti (user’s groups) sul web, mailing lists, forum e librerie di file. Una area importante è quella dei processi di regolazione in microbiologia di interesse per le industrie farmaceutiche, alimentari e cosmetiche." Quello che abbiamo trovato di interessante in questo ambizioso progetto è senz’altro la libreria file divisa in microbiologia, biologia molecolare e biotecnologia, statistica, programmi demo in vendita, epidemiologia e malattie infettive, produttività del laboratorio, newsletter e giochi. Si tratta di una raccolta di centinaia di file alcuni molto interessanti altri meno. L’altra sezione di interesse che ha ricevuto numerosi riconoscimenti è la "WWW Virtual Library:
Microbiology & Virology": "This section of the Virtual Library is devoted to the science, practice, and application of microbiology and virology. Subjects covered include culture collections, databases, educational sites, journals, government and regulatory sites, images, medical microbiology, university departments, virology, protista, and references to newsgroups, Email lists, and other resources for the microbiologist.All links in this Virtual Library section will be checked on at least a quarterly basis. The last complete check of the links was December 4, 1998.Today's date is: Wednesday, March 10, 1999".

Sfiniti da tanta navigazione ci rilassiamo con un sito molto divertente sui microbi [http://www.pfizer.com/rd/microbes/^], invisibili invasori ma anche preziosi alleati dell'uomo, un sito educativo sponsorizzato dalla Pfzizer in collaborazione con i National Institutes of Health.Qui si puo' fare una simpatica conoscenza con un batterio e rispondere a un "micobes quiz"

Terminiamo questa breve navigazione con una riflessione piuttosto amara. A fronte di una incredibile offerta in lingua inglese è ancora deludente la partecipazione delle università italiane on line .Internet si sa è nata e si è diffusa soprattutto in USA ma colpisce il ritardo con il quale i dipartimenti delle università italiane sono presenti su internet con qualcosa che vada al di là di una sintetica presentazione delle loro attività. Citiamo solamente il sito http://www.micromed.unifi.it/

dell’Istituto di Microbiologia "Renzo Davoli" dell’Università di Firenze per la possibilità che offre di scaricare numerosi file di presentazioni multimediali di convegni e congressi e il sito della rivista Alpe Adria Microbiology journal on line [ http://www.amcli.it/Alpe/alpe.htm ]

dove si possono leggere abstracts e articoli interi della rivista. Per fare un esempio del ritardo italiano basta andare sul sito ufficiale dell’Istituto superiore di sanità [www.iss.it] .Insomma per la Microbiologia e non solo Internet parla ancora inglese.

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Bibliografia

http://www.idg.it/diziopc/index.htm glossario on line dei termini tecnici citati.