Sieni-infektiot ovat kohtuullisen yleisiä suokonnilla ja erityisesti pehmeäkilpikonnilla kilpimädän aiheuttajina, mutta esiintyy niitä jonkin verran maakonnillakin kilvessä, suolistossa ja hengityselimissä. Ulkoisten mykoosien hoitoon riittää yleensä hyvä hygienia ja käsittely Betadinella® ja/tai ns. sienivoiteilla. Sisäisiin mykooseihin suositellaan mm. nystatiinia (100 000 iu/kg po. päivässä 10 päivän ajan).