Vad skiljer hajar från benfiskar? Den största skillnaden är att benfiskarnas skelett, som namnet antyder, består av ben medan hajarnas består av brosk. Vidare är benfiskarnas gälar täckta av gällock eller operculum, medan hajarna har flera gälspringor.

De flesta benfiskarna är klädda med fjäll. Alla hajar är täckta med små, tandliknande dentiklar, hudtänder, som känns sträva om man stryker huden åt fel håll. Tagghajen har stora dentiklar ojämnt spridda över huden i motsats till andra hajar, som har en jämnare fördelning. Vartefter hajen växer fälls de gamla dentiklarna och ersätts med något större. Samma sak sker med hajens tänder, som är uppbyggda på samma sätt som dentiklarna. De snabbsimmande arterna har vanligen små dentiklar medan de bottenlevande, mer tröga arterna, har större. Tack vare de små dentiklarna kan de snabbsimmande arterna minska friktionen mot vattnet och därmed spara energi.

Benfiskar har en simblåsa eller luftblåsa i kroppen. När det kommer in gas i blåsan ökar fiskens flytkraft och fisken stiger uppåt mot ytan. Den kan sjunka igen genom att släppa ut gas från blåsan. Hajen saknar helt simblåsa och de flesta sjunker om de slutar simma. Många hajar kompenserar detta genom att ha en mycket stor och oljerik lever, vilket ger en lägre densitet. Exempel på hajar med stor lever är valhajen och brugden. Att just dessa två arter har en stor lever är ingen tillfällighet. De tillbringar nämligen större delen av sina liv simmande i havens ytvatten, där de silar plankton. För att spara energi är rätt avvägning viktigt.

Hajarnas fenor kan, till skillnad från benfiskarnas, inte fällas ihop, även om de kan vinklas och böjas. Bröstfenor och bukfenor är alltid i par och alla hajar har en eller två ryggfenor. Stjärtfenan är asymmetrisk och ryggraden fortsätter upp i den övre fliken. Fenorna stöds av tunna brosktrådar. Det är dessa som används vid tillverkning av hajfenssoppa. De styva bröstfenorna ger lyftkraft på samma sätt som vingarna på ett flygplan. Även den uppåtriktade nosen ger viss lyftkraft.