Trots sin ålder och stora förekomst verkar cladoselache inte vara förfader till alla dagens hajar. Mer troligt är att den är en specialiserad sidogren i hajevolutionen som hade sin storhetstid under devontiden. Det är möjligt att den är förfader till några av dagens hajar, men inte alla. Av detta kan man dra slutsatsen att dagens hajar inte bildar någon monofyletisk grupp, d v s har enhetlig härstamning. Den är i stället polyfyletisk, och dess olika grenar sluter sig inte samman förrän man går tillbaks till cladoselaches förfäder. Teorin att hajarna är en polyfyletisk grupp skulle kunna förklara den formrikedom som dagens hajar visar upp.

Samtidigt med cladoselache levde andra hajarter. Bland dessa var det speciellt en liten grupp som utmärkte sig, coronodonterna. Dessa hajar hade till skillnad från övriga hajar utvecklat yttre könsorgan, s k claspers. Efter cladoselacherna och coronodonterna kom hajar med kraftigare rygg- och bröstfenor som var mer flexibla. Utvecklingen gick framåt och i början av permtiden, för ca 280 miljoner år sedan, kom nästa stora hajgrupp, hybodont hajarna. Dessa hajar var förhållandevis ospecialiserade men mycket framgångsrika. De dominerade haven ända tills slutet av dinosauriernas era. Hybodonterna hade både vassa tänder att fånga fisk med och breda, låga tänder att krossa skaldjur med. Av kroppsformen att döma var de inga utpräglade snabbsimmare och inte heller direkt bottenlevande. De var i stället ett slags mellanting som kunde dra fördel av olika levnadssätt.

Ju mer ett djur specialiserar sig, desto mer sårbart blir det för förändringar. Anpassningsförmågan minskar. Så länge förhållandena är de samma kan djuren leva och breda ut sig. Men så fort miljön ändras, vilket den alltid gör, får de svårt att leva. För ca 230 miljoner år sedan var det precis detta som hände. Kontinenterna som fram tills dess hade suttit ihop i en enda stor kontinent, Pangaea, började glida ifrån varandra. Geografin och klimatet genomgick stora för-ändringar. Andelen hav minskade på jorden. Denna stora förändring fick till följd att många arter dog ut och nya uppstod. De specialiserade hajarna som fanns under den här tiden fick stora problem och dog ut. Hybodonterna däremot, kunde anpassa sig till de nya miljöerna och på så vis leva vidare och fortsätta dominera haven. Under juratiden, mellan 195 och 140 miljoner år sedan, fanns det tidiga representanter för dagens hajarter i haven. De utvecklades och blev allt mer och mer dominerande, tills de för ca 65 miljoner år sedan helt konkurrerade ut hybodonterna.