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Harold Houston, riche mécène et le professeur Harambour montent une expédition scientifique pour aller à la recherche de l'Atlantide avec le Trilobite. Orgonetz et Miss Ylang Ylang sont sur leur trace, pour s'emparer du secret de la Kearnalumine et du Trilobite.
Pendant ce temps, en pleine mer et en pleine tempête, Bob et Bill font naufrage sur une petite île. Ils y découvrent le Trilobite et font la connaissance de l'équipe de savants. Les hommes du Smog débarquent sur l'île et passent à l'attaque. Bob, Bill et leurs nouveaux compagnons fuient dans le Trilobite.
Après un magnifique voyage le Trilobite arrive dans le Triangle des Bermudes et se retrouve immobilisé dans un champ de mines datant de la dernière guerre. Bob et Bill sortent pour détacher une mine et sont attaqués par une pieuvre géante, mais sans conséquences. Poursuivant leur chemin ils découvrent une magnifique cité engloutie : l'Atlantide. Mais, à la surface, le Smog n'a pas perdu la piste et a suivi avec un navire.
Pendant que Harambour reste dans le Trilobite, les autres membres de l'expédition explorent la cité. Le Trilobite est alors harponné et remonté à la surface par les membres du SMOG. Bob et ses compagnons remontent discrètement, investissent le navire du Smog et libèrent Harambour. Une bagarre éclate entre Bob et la Miss d'une part, Bob et Orgotetz de l'autre. Les membres du Smog, capturés sont mis dans les canots de sauvetage.
Mais Orgonetz qui a échappé aux arrestations tente de monter dans le Trilobite. Une alliée inattendu entre dans la danse : la mine flottante que Bob a détaché. Elle heurte le navire, qui coule. Le Trilobite coule également. Nos amis s'éloignent dans un canot de sauvetage.
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