Durante 400 años, Carcassonne es capital de condado y goza de una gran prosperidad, que interrumpe la cruzada contra los Albigeois en el siglo XIII. Los cruzados del Norte pasan por el Valle del Ródano y entran en Languedoc en julio de 1209 para castigar a los heréticos. Puesto que el conde Raimundo VI de Toulouse se está sometiendo a una penitencia pública, el peso de la invasión recae en su sobrino y vasallo Raimundo-Roger de Trencavel, vizconde de Carcassonne.
Después del saqueo de Béziers, el ejército, dirigido por el legado Arnaud-Amaury invade Carcassonne el primer de agosto. En aquella época, sólo una muralla protege la ciudad. A pesar del ardor de Trencavel, la ciudad, careciendo de abastecimiento en agua, se rinde después de 15 días. Entonces la junta militar nombra a Simón de Montfort vizconde de Carcassonne. Éste sustituye a Trencavel que morirá en la torre donde estaba detenido.
En 1240, el hijo de Trencavel intenta recobrar su herencia pero no lo consigue. Asedia Carcassonne. Las máquinas de guerra dañan las murallas pero el ejercito real le empuja a retirarse. Saint-Louis ordena que se destruyen las aldeas establecidas al pie de la muralla. Se les otorgan a los habitantes el derecho de construir una ciudad en la orilla opuesta del Aude. Esta ciudad es el actual barrio baja de Carcassonne. La ciudad es restaurada y consolidada. La obra continua bajo el reinado de Philippe le Hardi. El sitio adquiere la fama de una fortaleza inexpugnable.
Después de la anexión del Roussillon al Tratado de los Pirineos, la importancia militar de Carcassonne disminuye: 50 leguas separan la ciudad de la frontera. Perpigan la reemplaza y se habla de destruirla.
Pero el romanticismo vuelve a poner de moda la Edad Media. Prosper Mérimé, inspector general de los Monumentos históricos, muestra su interés por las ruinas en sus "Apuntes de viaje en el Sur de Francia, 1835". Un arqueólogo local, Cros-Mayerville, no para de abogar por su ciudad. Viollet-le-Duc, enviado especial de París, vuelve a la capital con un informe entusiasta que convence la Comisión de los Monumentos históricos de emprender la restauración de la ciudad en 1844.