Uma prova dessa boa localização geográfica gonçalense é a instalação na cidade, às margens da rodovia BR-101, do hipermercado Carrefour, atraindo clientes de São Gonçalo, Itaboraí, Niterói e Rio de Janeiro, principalmente quando de passagem para a Região dos Lagos. O Carrefour chegou a atingir a marca de segunda maior unidade em faturamento no país, perdendo apenas para a unidade de Brasília.
É servida pela BR-101, rodovia que liga o Estado do Rio de Janeiro ao Nordeste. Pela RJ-104 que serve de acesso alternativo à BR-101, juntando-se a esta rodovia na localidade de Manilha, na cidade de Itaboraí. No bairro de Tribobó, a rodovia RJ-104 permite o acesso a RJ-106, que liga São Gonçalo a Região dos Lagos, cruzando também a cidade de Maricá.
Além dessas grandes rodovias, São Gonçalo permite o acesso por vias alternativas, neste caso passando pelo centro da cidade.
Existe ainda em São Gonçalo um leito férreo pouquíssimo utilizado, que liga a cidade de Niterói até à cidade de Itaboraí, cruzando toda São Gonçalo. Em Itaboraí ela oferece ligações a outras cidades.