El único mamífero autóctono de las Islas es el lobo marino de dos pelos (Nombre científico: ARCTOCEPHALUS PHILIPPI), que fue explotado irracionalmente en el siglo XIX por buques loberos norteamericanos. Estos animales son fácilmente observables en los roqueríos cerca del muelle del aeródromo los que gracias a la protección de Conaf, se reproducen nuevamente con gran regocijo. Además del Lobo marino de dos pelos, aparecen de vez en cuando diferentes tipos de cetáceos, en especial los Delfines de "Nariz de Botella", que son muy comunes en estas aguas.

En cuanto a la fauna terrestre, solamente existe un ejemplar de fauna autóctona, que es un picaflor colorado muy bonito y llamativo, antiguamente fácil de observar, y hoy casi extinto gracias los animales introducidos, como las ratas, los coatíes (De la familia de los mapaches (Racoons norteamericanos)), los gatos y los perros. Obviamente no puedo dejar de hablar acerca de las cabras y los conejos, que fueron introducidos por el mismo Juan Fernández, en su intento por colonizar la isla, y por carecer de enemigos naturales se han multiplicado de manera alarmante, causando un gran daño a la Isla.

Sin duda el animal más conocido de estas Islas es la famosa Langosta de Juan Fernández (Nombre científico: JASUS FRONTALIS). Este crustáceo es el sostén de esta aislada comunidad, y es comercializado en el continente. Se puede decir que gracias a la Langosta, la gente sabe que estas Islas existen y son conocidas. Si desea saber más acerca de esta especie le recomiendo visitar la Página de la Subsecretaría de Pesca, que tiene una detallada descripción de esta especie.

No hay que ir a Robinson Crusoe con ideas preconcebidas, salvo una sola: encontrarse con un escenario único de gran belleza. Si uno piensa que va a llegar a un lugar invadido por una vegetación nativa exuberante, se va a desilusionar, ya que sólo un tercio de esta isla subtropical templada de 47 km2 está cubierta de vegetación, el resto es un desierto de origen volcánico. Cerca del pueblo de San Juan Bautista (el único lugar poblado de la isla) se han hecho plantaciones de eucaliptos y de pinos, la intrusa zarzamora y los maquis se meten por todos los rincones, ya no queda un solo ejemplar de sándalo, un árbol de madera fragante otrora muy considerada, y los pocos ejemplares que se mantienen en pie de la palmera chonta, hay que admirarlos desde lejos.

A pesar de estas desilusiones, el viaje a la isla se justifica plenamente. Siempre quedan restos de la vegetación original, que en sectores inaccesibles se mantiene en todo su esplendor, además de los helechos propios de Juan Fernández, crecen con profusión el ampe y la costilla de vaca, los helechos más comunes del Sur de Chile. Otros ejemplares de nuestros bosques que también se encuentran en la isla son: la nalca o pangue de grandes hojas, la luma, el ciprés, el laurel, etc. Se supone que los pájaros y el viento se encargaron de transportar las semillas y las esporas. Desde la Polinesia llegó el sándalo, que como decíamos, está hoy extinguido por el hombre, pero que gracias a una iniciativa del Ex Comandante en Jefe de la Armada, Almirante Merino, Conaf está tratando de reintroducirlos con unos ejemplares traídos desde la India por el Buque Escuela Esmeralda.