Conserva las cuevas en las que San Millán vivió como ermitaño en el siglo VI (una de ellas guardó su sepulcro hasta el año 1053), así como un arco de herradura mozárabe en su puerta de acceso, las tumbas de los siete infantes de Lara, de su ayo Nuño Salido, y la de tres reinas de Navarra : Tota, Ximena y Elvira. A destacar también su etapa románica.