Se levanta en el fondo del valle y se trataba originariamente de un monasterio románico del siglo XI, que fue reformado y reconstruido entre los siglos XVI y XVIII. La entrada se hace a través de una portada barroca (s. XVI) con un relieve que representa a San Millán a caballo. En la actualidad es ocupado por una comunidad de Agustinos Recoletos que se ocupan de conservar este patrimonio histórico-artístico, donde destacan los libros antiguos (algunos de gran tamaño),  las arquetas donde descansan los restos de San Millán y San Felices y las glosas emilianenses.