Las elecciones presidenciales de 1928 fueron el mayor triunfo personal de Yrigoyen, no obstante lo cual menos de dos años después, el 6 de septiembre de 1930, fue derrocado sin gran dificultad por un golpe de Estado militar. Las muchadumbres de Buenos Aires que tan ferviente apoyo le habían dado en 1928 luego tomaron su casa por asalto y, al menos durante un tiempo, aclamaron al nuevo gobierno revolucionario. Dúbitamente, el pueblo reitó su apoyo al gobierno y lo canalizó hacia nuevas organizaciones de masas que, también como en 1919, eran conducidas por el ejército.
En 1928 el radicalismo yrigoyenista gritaba más que nunca en torno de los grupos de clase media urbanos. Este desplazamiento se pudo de manifiesto en la composición del gabinete en 1928. Dos de los ministros claves estaban en manos de hombres salidos de los comités y de la clase media. En el congreso, los hijos de inmigrantes eran entre los yrigoyenistas una proporción apreciable. Esto marcaba un agudo contraste con lo que acontecía en 1916, en que una abrumadora mayoría de legisladores radicales eran terratenientes. Muy pronto Yrigoyen reimplantó su manejo de patronazgo oficial.
En 1929 todo el sistema de "gobierno de los comités" introducido por Yrigoyen en 1919 y mantenido por un pronto aumento del gasto público alcanzó su apogeo. Los posibilidtó la prosperidad existente, futo de un boom de las exportaciones agropecuarias.
Pero aunque este era, en mucho mayor medida que el precedente, un gobierno de clase media, paralelamente a la instauración del patronazgo Yrigoyen procuró consolidar su posición con respecto a la élite y a dos grupos de presión que tantos trastornos habían originado en 1919: el ejército y el capital extranjero. De este modo, en 1929 la posición de Yrigoyen se había vuelto muy conservadora en aquellas esferas que antes de 1916 había sido más progresista. Su estrategia general consistía ahora en aumentar o conservar su masa partidaria en la mayor medida posible mediante el patronazgo, y neutralizar a los grupos de presión promoviendo otras políticas que concordaran, en líneas generales, con sus intereses. El propósito era impedir que emergiera una situación como la de 1919, y allanar el camino para el principal objetivo del gobierno, que era la legislación en materia petrolera. Pero la debilidad de los radicales en el Senado nacional frustró la concreción inmediata de sus esperanzas en tal sentido. Las provincias del interior habían elegido con frecuencia a candidatos no Yrigoyenistas en la época de Alvear. Como consecuencia, cuando las leyes sobre el petróleo llegaron al Senado, en septiembre de 1929, este simplemente se negó, por voto mayoritario, a considerarlas.
Para conseguir el control del Sendao, en 1928 y 1929 el gobierno se hizo cargo por decreto de las provincias de San Juan, Mendoza, Corrientes y Santa Fe. Esto provocó una inmediata intensificación de las antiguas disputas regionales. El problema del petróleo, las intervenciones federales y el conflicto entre el Ejecutivo y el Senado formaban parte de una cuestión más amplia: la de las relaciones entre buenos Aires y el interior.
El asunto se puso candente a mediados de 1929. En 1928 San Juan y Mendoza habían elegido senadores de partidos antiyrigoyenistas; en el primer caso, el líder del "cantonismo" provinciano Federico Cantoni, junto con su colega Carlos Porto; en Mendoza, Carlos Washington Lencinas, caudillo de una fracción populista dominada por su familia. El cantonismo y el lencinismo habían adquirido cierta importancia, eran conducidos por grandes terratenientes. La importancia de estos movimientos derivaba de que los yrigoyenistas necesitaban controlar esas dos provincias para tener en manos el Senado. Pero decidieron que Cantoni y los demás ocuparan sus bancas, impugnando la legalidad de su elección. (Acá se ponía en juego el control del petróleo por las clases medias de Bs.As. o los terratenientes del interior).
Cantoni tenía importantes aliados en otros grupos antiyrigoyenistas (PSI, partidos conservadores provinciales, pequeños grupos de extrema derecha como restos de la Liga Patriótica). Los debates generaron un creciente clima de violencia en Buenos Aires en la segunda mitad del 29. En julio surgió una fuerza de choque paramilitar de los yrigoyenistas lamada el Klan radical, expresión de lo que había de más oscuro en el radicalismo. Los grupos de derecha replicaron fundando en el mes de octubre su propia organización, la Liga Republicana. Las escaramuzas a tiros entre ambos bandos se tornaron frecuentes. A fines del 29 había pocas dudas del triunfo de los yrigoyenistas: consiguieron vencer en los debates del Senado. A diferencia de la Liga Patriótica, la Liga Republicana no tuvo apoyo popular.
La gran diferencia entre 1919 y 1929 era que el surgimiento de una grave crisis política no privaba al gobierno de las simpatías de la clase media ni desencadenaba contra él la acción concentrada de los grupos económicos de presión.
En los tres últimos meses de 1929 el gobierno había iniciado con gran determinación su segunda etapa: la organización de elecciones en las provincias intervenidas por decreto. A la sazón parecía haber capeado el temporal y estar en condiciones de introducir con éxito las leyes sobre el petróleo en las sesiones legislativas.
En ese preciso momento, como secuela inmediata de la quiebra de Wall Street en octubre de 1929, la Gran Depresión comenzó a hacer sentir sus efectos en la Argentina, luego de haber sido presagiada durante todo el año por el aumento del déficit en la balanza de pagos. Este último traducía la caída de los precios agropecuarios en el mercado mundial y la merma de las exportaciones, así como el hecho de que los fondos de origen norteamericano, que en los últimos años habían sostenido la balanza de pagos, gradualmente retornanron a EEUU. Así, la disminución de las exportaciones argentinas fue acompañada de una evaporación de los fondos de inversión que habían fluido hacia el país.
La depresión tuvo un impacto instantáneo en el gobierno; su autoconfianza fue prontamente desplazada por muestras cada más notorias de desesperación. Durante todo el año 1930 el peso se despreció alrededor de un 20%. Auinque los precios agropecuarios disminuyeron en general, en consonancia con la contracción de los mercados externos, los precios de las importaciones fueron forzados al alza por la veloz depreciación de peso. El abandono de la convertibilidad de la moneda implicó que las condiciones monetarias y crediticias internas quedaran desvinculadas al sector externo y de la balanza de pagos. El colapso del sector exportador desencadenó una desocupación creciente.
En estas cuestiones económicas y financieras se halla una de las claves de la revolución de 1930. A diferencia de lo que acontecía en 1929, el último año próspero, en 1930 el yrigoyenismo se había convertido en una amenaza para los hacendados y comerciantes. Estas condiciones hicieron que las principales entidades de los terratenientes y exportadores se coaligaran contra él. Una vez que los grupos descontentos dentro del ejército contaron con el apoyo de los principales intereses económicos, tuvieron vía libre para actuar.
El apoyo popular de que gozaba Yrigoyen fue aniquilado por el efecto de la depresión en las clsases medias urbanas. En 1929 todo el sistema de control del gobierno dependía de su capacidad de seguir apelando al gasto público y al patronazgo; pero ya a comienzos de 1930, alerta ante la menaza de los terratenientes y en una tentativa desesperada por reducir la deuda flotante, comenzó a disminuir poco a poco, no el gasto en sus cifras absolutas pero sí su ritmo, hasta llegar un momento en que resultó insuficiente para sostener la estructura de patronazgo creada. La estructura comenzó a resquebrajarse; lo más notorio fue la repentina erosión de los lazos entre el gobierno y los comités partidarios. Y el descalabro del aparato partidario trajo consigo un esfuerzo concertado de la oposición para atacar al gobierno y usurpar el apoyo popular.
Muchos relatos sobre la revolución de 1930 han aducido como principal motivo del colapso del gobierno la presunta senilidad de Yrigoyen. Una visión equilibrada de los hechos no permite sostener tal cosa. En ese período crítico Yrigoyen apareció en público probablemente con más frecuencia que en ningún otro de sus carrera. La depresión económica explica muy bien por qué la "senilidad" de Yrigoyen, la "corrupción" y la falta de espíritu partidario cobraron importancia cuando lo hicieron.
Lo que sucedió en 1930 fue que la depresión acabó con el partido yrigoyenista, sacando a relucir hasta qué delicados extramos había depositado su confianza en el patronazgo oficial. La depresión destruyó también el prestigio personal de Yrigoyen y la imagen de Mesías que había cultivado a lo largo de toda la década. Para la población en general, su venerada personalidad dejó paso a la de un anciano decrépito.
El golpe militar comprendió, pues, dos procesos fundamentales: la enajenación de los intereses conservadores ligados la exportación y de los grupos de poder pertenecientes a ellos, como el ejército, y la súbita pérdida de apoyo popular por parte del gobierno.
De este modo paradójico llegó a un abrupto final la era de las alianzas políticas entre la élite y las clases medias urbanas. A pesar de que alentaron el golpe de Estado, en la década del treinta las clases medias se vieron prontamente privadas de los frutos del poder de que habían gozado con Yrigoyen.; fue por ello que an rápidamente se enfrentaron al gobierno militar de Uriburu. Después de septiembre el gasto público sue inmediatamente reducido para aliviar la presión sobre el crédito interno e impedir que el país no pudiera cumplir los compromisos contraídos con el exterior. Los principales perjudicados fueron los grupos de clase media dependiente. Más adelante se introdujo un sistema de control cambiario que castigaba a los consumidores urbanos al aumentar los precios de los artículos importados.