Comenzó como ayudante de Otomo mientras realizaba el manga de Akira. Y después de colaborar, ya con nombre propio, en !Qué horror de apartamento!, fue haciéndose un nombre propio y saliendo de la sombra de su maestro.

Regreso al mar es una buena muestra de lo que aprendió a las ordenes de Otomo pero con unas dosis de creatividad propia que convierten a este producto en algo muy recomendable. La historia se desarrolla en el Japón actual, en un pequeño pueblo de pescadores de lo más tranquilo y tradicional. Pero la amenaza de urbanización pone en marcha a los habitantes del pueblecito, que deciden recurrir a una antigua leyenda de la región para salvar su entorno.

Su labor en !Que horror de apartamento! ya es algo más confusa, porque al ser el dibujante, es difícil saber hasta que punto colaboró con el guión final de la historia. De todas formas, que Otomo eligiera o accediera a trabajar con él ya dice mucho sobre su profesionalidad y talento.

Su obra más importante ha sido la dirección de la película Perfect Blue, que a pesar de contar con la supervisión de Otomo, el mérito es exclusivo de Kon.

En líneas generales, podemos decir que la idea que tienen tanto Satoshi Kon como Otomo del manga que quieren hacer se aleja un poco de los convencionalismos, del manga puramente comercial, y desean basarse en un guión sólido para relatar historias que puedan interesar a lectores más maduros. En el fondo, eso es lo que busca Akira, y Regreso al mar sólo viene a demostrar que Satoshi Kon comparte este modo de ver las cosas. La idea general de Perfect Blue es crear anime para adultos, que trate cualquier tema imaginable y no aprovechar las múltiples posibilidades de la animación para realizar sólo animes de temática fantástica o que requieran un gran alarde de efectos especiales.