Es una organización secreta que incluso existía antes del Segundo Impacto. Ocultaron la verdad acerca del Segundo Impacto y la existencia de ángeles utilizando a la ONU como apoyo. Después del Segundo Impacto crearon la agencia secreta NERV y el grupo de Complementación Humana, siendo este su objetivo principal. SEELE basa este plan en los  "Rollos Secretos del Mar Muerto" para llevar a los humanos a otro grado de evolución. Sin embargo, con la pérdida de la Lanza de Longinus, y luego la rebelión de Ikari Gendou, se volvió inevitable que el plan fuese cambiado en la última fase.
Al mando se encuentra Keel Lorentz y su cuerpo es en su totalidad una máquina desde los huesos. Se dice que era el humano más viejo del mundo ya que probablemente era el soldado que entregó a Cristo a la crucificción y como castigo se hizo que la tierra caminara hasta el apocalipsis. Con todo lo anterior, finalmente logra su objetivo, dándose el tercer impacto siendo capaz de descansar. A propósito Seele significa "alma" en Alemán y todas las organizaciones que están relacionadas a SEELE, como GEHIRN y NERV, tiene sus nombres derivados del Alemán. Tal vez será que estas organización se iniciaron primero en Alemania.

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