Di awal tahun 1950an, Tuan Haji Mokhtar b. Ahmad telah menyusun semula sistem pendidikan bagi meningkatkan prestasi pengajian dan pendidikan mengikut kehendak semasa. Di bawah sistem ini pelajar hendaklah menamatkat pengajianmereka selama 9 tahun. Dimulakan denagi kelas Ibtidai 1 hingga 3 kemudian memasuki kelas peralihan selama seathun. Seterusnya disambung pula denagn sistem Thanawi 1 hingga 5. Disamping itu ada juga sistemnaik kelas. Ketika ini had umur pelajar tidaklah ditetapkan tetapi umur pelajar yang paling rendah adalah 7 tahun. Sistem ini berjalan hingga tahun 1961 iaitu semasa Ustaz Fadhlullah Suhaimi sebagai pengetua yang ke 3. Semasa beliaulah sukatan pelajaran dan pentadbiran telah diperbaiki bagi memantapkan pengajaran dan pembelejaran Kulliah. Pada masa beliaulah pelajar-pelajar Kuliah telah dibahagikan kepada 2 kumpulan . Pelajar lelaki kekal di Kulliah sementara pelajar perempuan ditempatkan di Kulliah Tengku Ampuan Fatimah yang diletakkan di Istana Kuning.

Sistem pelajaran mengalami perubahan lagi pada tahun 1962 setelah Ustaz Abd.Wahab b. Abdullah menjadi pengetua. Ia telan diubah sejajar dengan kehendak dan keperluan semasa. Di bawah sistem ini pelajar di bawah sistem ini pelajar hendaklah menamatkan pengajian selama 4 tahun dengan mengunakan Sijil Thanawi 1 hingga 4 kemudian perlu mengambil Sijil Tinggi Agama (STA) setelah menamatkan thanawi 4. Ianya ternyata berkesan setelah lulusannya diterima masuk ke tahun pertama Universiti Al-Azhar, Mesir. Usaha pengiktirafa telah dibuat oleh ustaz Abd Wahab danTuan Hj. Mohd. Taib b. Hassan ,melalui persatuan pelajar-pelajar Melayu Mesir.

Sistem pendidikan telah bertukar lagi bila Kulliah telah diambilalih oleh kerajaan pada tahun 1965. Nama Kulliah telah ditukarkan kepada Sekolah tinggiAgama Sultan Abu Bakar. Pelajar-pelajar yang memasuki Kulliah datangnya dari sekolah menengah agama rendah seperti Sek. Men. Agama Al-Attas, Sek. Men. Agama al-Khairyyah dan lain-lain. Sukatan pelajarannya telah diubah dengan memasukkan mata pelajaran umum di samping memasukkan mata pelajaran bahasa arab dan agama.

Pada tahun 1969 Kulliah telah mengadakan Sijil Tinggi Persekolahan (STP). Di samping itu ditubuhkan Kelas Pendidikan dan Dakwahh Pelajar akan memprolehi kelulusan diplomasetelah menamatkan pengajian selama 2 tahun. Kelas ini diadakan untuk mengatasi masalah pelajar-pelajar yang tidak dapat melanjutkan pelajaran ke Mesir oleh kerana brlaku peperangan Arab-israil. Namun begitu kelas tersebut telah ditamatkan pada tahun 1975.

Pada Ustaz mohd. Jamli b. Awang Lirai, STA dijadikan 2 tahun dan in diasingkan dari STP. Ketika ini sistem pendidikan Kulliah semakin mantap setelah setelah lulusannya mendapat pengiktirafan dari Universiti Islam Madinah dalam tahun 1983 dan semua unuversiti di kuwait dan Univeersiti al-Nur, Syria pada tahun 1989.

Seterusnya lulusan Kulliah telah mendapat pengiktirafan dari beberapa universiti lain termasuk UIA, UKM, KUSZA dan lain-lain dalam masa Ustaz Abd. Rahim b. Said menjadi pengeua. Ketika ini sistem pelajaran mengikut sistem"Nizam al-Buuth". Pada masa beliau juga pengiktirafan STA oleh Universiti al-Azhar setiap 10 tahun sekalikhususnya untuk pelajar-pelajar Malaysia.

Untuk memantapkan pelajaran pelajar dalam STA maka pihak pentadbiran Kuilliah telah memansuhkan STPM pada tahun 1992. Sesiapa yang ingin mngambil peperiksaan tersebutterpaksa ke sekolah lain sepeti di Al-Khairiyyah, Temerloh. Di atas desakan ibu bapa pelajar, pihak pentadbir telah mewujudkan semula peperiksaan tersebut pada tahun 1993.

Pihak pengetua dan Ustaz Abd. Samad b. Jusoh serta beberapa orang guru Kulliah telah mengadap ke bawah Duli tuanku Sultan Haji Ahmad Shah untuk berbincang soal pengiktirafan oleh al-Azhar. Seterusnya diadakan satu rombongan ke al-Azhar untuk berbincang dengan Syeikh al-Azhar. Berkat usaha murni DYMM Sultan dan pihak pentadbir Kulliah, al-Azhar telah kembali mengiktiraf lulusannya.

Seterusnya pada bulan Mac 1996, pengetua Kulliah telah disandang oleh Ustazah Solehah bt. Othman. Sistem pendidikan Kulliah masih lagi menggunakan Sistem Nizam al-Buuth, di mana ianya adalah selaras dengan sekolah-ssekolah agama di seluruh Malaysia. Di bawah adalah senarai mata pelajaran dan kitab-kitab yang digunakan oleh pelajar-pelajar STA pada tahun 1998. (Zinal Abiddin Lebai Hassan 1998: 27 Ogos )

Sementara itu pelajar-pelajar STPM adalah mengikut sukatan pelajaran yang dikeluarkan oleh Kementerian Pendidikan Malaysia.