Organización del Virreinato

En 1550, fue nombrado virrey Antonio de Mendoza, que ya había ejercido el cargo en el virreinato de Nueva España. El virrey Francisco de Toledo, que gobernó entre 1569 y 1581, llevó a cabo la más importante labor de organización de la administración colonial en el virreinato peruano durante el siglo XVI, estableciendo las normas para la agrupación de los indios en reducciones y la distribución del trabajo indígena por medio de la mita. Mediante el empleo de ésta, el virrey Toledo proveyó de mano de obra a las minas de Potosí (productora de plata) y Huancavelica (de la que se extraía mercurio, necesario para la purificación argentífera), logrando así convertir al Perú en uno de los centros más importantes de producción de plata en el mundo entero. En el siglo XVIII, destacaron las figuras de los virreyes que introdujeron las medidas creadas por el reformismo llevado a cabo por la Casa de Borbón, especialmente Manuel de Amat y Junyent, que gobernó entre 1761 y 1776, Manuel de Guirior (1776-1780), Agustín de Jáuregui (1780-1784) y Teodoro de Croix (1784-1790), destinadas a revitalizar la administración colonial con actuaciones como la incorporación del sistema de intendencias. Con él se intentó profesionalizar el gobierno, sustituyendo las inoperantes figuras de los corregidores y los alcaldes mayores, dedicando especial interés a todo lo relacionado con la Hacienda.

La reorganización territorial llevada a cabo a lo largo del siglo XVIII disminuyó la importancia del virreinato peruano, que perdió una gran parte de su espacio y de su capacidad comercial. En 1717, se creó el virreinato de Nueva Granada, restaurado en 1739 tras un periodo de supresión. En 1776, la creación del virreinato del Río de la Plata supuso la pérdida de la explotación de las importantes minas de Potosí, que pasaron a integrarse dentro de la nueva demarcación, y del protagonismo comercial de Lima y su puerto de El Callao, frente al adquirido por Buenos Aires.

José de la Serna e Hinojosa fue el último virrey y gobernó desde 1821 hasta 1824, asistiendo a la desintegración del Ejército realista, en la batalla de Ayacucho.