Para hablar un poco de la historia del pueblo y de su villa, nos tendríamos que remitir a la época celtibérica y del yacimiento en la zona de San Roque, donde se han encontrado restos arqueológicos procedentes de rituales funerarios que se realizaban mediante incineración. Se colocaba el individuo muerto en una pira funeraria (ustrinium). Una vez que el fuego consumía los restos, éstos se introducían en una urna funeraria, que generalmente no se señalaban, pero en el caso de La Yunta se ha documentado túmulos pequeños cubriendo varias tumbas.
Aunque la dedicación era principalmente ganadera, de pastoreo y crianza de caballos, también eran guerreros por naturaleza. A los guerreros se les daba un trato especial y sobre todo a aquel muerto en combate.
Con la llegada de los romanos cambiaron los hábitos y costumbres de la gente que pasaron a ser agrícolas aunque no hay constancia del paso de los romanos por el pueblo, ya que no es posible documentarlo. Tampoco tenemos del paso de los visigodos y árabes, aunque podríamos llegar a la afirmación que las costumbres, así como posibles yacimientos, estarín debajo de la actual localización del pueblo.
Del paso de los árabes podríamos decir que toda la zona del señorío, así como Guadalajara capital era zona fronteriza de guerra con los cristianos. Molina por si sola formaba un reino taifa. Durante los siglos XI y algo del XII. La zona fue conquistada por Alfonso I "el Batallador" en 1129, iniciándose la repoblación a finales del siglo XII y principios del XIII, quedando el pueblo bajo la tutela de la villa de Molina, regido por los Condes de Lara aproximadamente en el año 1154. Como testimonio de ello tenemos el testamento que en 1292 (era de 1331) de Doña Blanca, Quinta Señora de Molina de los caballeros, en la que da los derechos sobre La Yunta (primera vez que aparece el nombre del pueblo) a Sancho López. Cedido más tarde el poder a la Orden de San Juan, no por ello perdió la tutela por corregidores de Molina.
De esta época surge la torre fortaleza en el siglo XIV y la iglesia del siglo XVII.
Reseña histórica que no podemos dejar pasar es lo ocurrido el 5 de mayo de 1560, donde el pastor Pedro García Gómez cuando guardaba el rebaño de ovejas de una tormenta, entre las encinas de "La Hombrihuela", se le escapaba una oveja a la que tiró un guijarro que al caer, se partió lanzando fuertes resplandores, cesando en ese momento la tormenta. Al acercarse el pastor comprobó que las vetas del guijarro formaban con nitidez una escena del Calvario, con Cristo Crucificado en el centro y las imágenes de María y San Juan a los lados (guijarro que se conserva en la iglesia).
A partir de esta época poco hay que reseñar, salvo que en la Guerra de la Independencia, el pueblo fue saqueado por los franceses, saqueo del que se libró la reliquia del Santo Cristo, y de la Guerra Civil en la que el pueblo, en plena zona republicana, mandó jóvenes a la Batalla del Ebro. Ya en los años 60, como en otros muchos pueblos de España, el éxodo de gente hacia zonas industrializadas de Madrid, Barcelona, Valencia y Bilbao, preferentemente.