Il rinnovato Museo Archeologico Nazionale è stato inaugurato il 14 marzo 1998 dal Ministro per la Cultura, Walter Veltroni. Già nel 1913 il principe Don Luigi Barberini aveva allestito privatamente, in alcune sale del palazzo, una raccolta di reperti rinvenuti negli scavi ottocenteschi effettuati nelle loro tenute prenestine. I pezzi di quella collezione, integrati da altri provenienti dal Museo Etrusco di Villa Giulia (a cui sempre i Barberini li avevano venduti nel 1908) e dai ritrovamenti verificatisi nei restauri del santuario e della città bassa a seguito dei bombardamenti subiti dalla città durante la seconda guerra mondiale, costituirono il primitivo museo inaugurato nel 1956. A distanza di più di quaranta anni, e dopo ulteriori ritrovamenti nel territorio, come per esempio nella parte bassa della città il santuario di Ercole ricchissimo di terrecotte votive e la donazione della "collezione Pietro Giuseppe Tomassi", si era reso necessario un riordino basato su criteri sistematici, tenendo conto anche degli elementi cronologici e di provenienza dei reperti. I supporti didattici sonp stati contenuti all'essenziale, per rispettare il pregio monumentale degli ambienti storici del palazzo Colonna-Barberini in cui il museo èospitato, e per valorizzare le opere esposte lasciandone intatta la suggestione. Il progetto scientifico del rior dino è stato curato dalla Soprintendente Archeologica del Lazio, Anna Maria Reggiani, e dalla direttrice del museo, Sandra Gatti, che si sono avvalse per l'allestimento di Maurizio Brufatto, Roberto Pinci, Pietro Vigilante, Benedetta Adembri, Nadia Agnoli, Annamaria Manfredonia, Bruno Pollastrini, Domenico Alfonsetti, Vincenzo Chiappini e Angelo Cesini. Dopo aver acquistato il biglietto nella biglietteria posta su via Barberini, in un locale adiacente il palazzo, si accede al Museo dalla scalinata della cavea del teatro: i gradini dell'emiciclo non sono più quelli di età romana, distrutti nel XIV secolo, ma risalgono, come anche il pozzo antistante, alla riedificazione del palazzo completata da Francesco Colonna nel 1493. lì percorso del museo si svolge su sedici sale disposte su tre piani.

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