Il 3 novembre del 1966, il Che parte per la capitale della Bolivia, La Paz, con il passaporto uruguayano intestato a Adolfo Mena González, professione commerciante; ha una credenziale con il timbro della Direzione Nazionale dell'Informazione della Presidenza della Repubblica di Bolivia; la firma in calce è quella del Capo Gabinetto, signor Gonzalo López Muñoz, che lo presenta come un inviato speciale dell'Organizzazione degli Stati Americani (OSA), incaricato di realizzare uno studio informativo sulle relazioni economiche e sociali esistenti nella campagna boliviana.Il 7 novembre Ernesto Che Guevara raggiunge la fattoria scelta come punto d'incontro del gruppo che costituirà il focolaio guerrigliero in Bolivia. II giorno dopo l'arrivo, inizia le perlustrazioni nella zona per costruire gli accampamenti, che sposterà continuamente, e per cercare grotte dove nascondere munizioni, rifornimenti e apparecchi radio.

In dicembre, al gruppo del quale facevano parte anche Villegas, Pombo, Leonardo Tamayo Nuñez, Urbano si uniscono, tra gli altri, i boliviani Inti e Coco Peredo, Lorgio Vaca Marchetti, Carlos, e l'altro cubano, José Mar¡a Mart¡nez Tamayo. Il Che, nel suo diario, parla di un comportamento un po' strano di Mario Monje, segretario generale del Partito Comunista Boliviano, molto vicino all'Unione Sovietica, che, dopo aver dato comunque la sua adesione incondizionata, il primo gennaio del 1967, senza nessun preavviso, si ritira. Proprio la notte prima, brindando con il Che e gli altri compagni, Monje aveva detto: "Nuestras vidas non significaban nada frente al hecho de la revolución".

L'11 di febbraio 1967 appunta sul suo diario che è il giorno del compleanno "del viejo", suo padre. Hanno già incontrato il Rio Grande, lo hanno attraversato e continuano la marcia verso il fiume Masicur¡. Il 15 ricorda il compleanno della figlia Hildita, e il 18 quello della moglie Aleida, che chiama affettuosamente Josefina. Il 24 annota il compleanno del figlio Ernesto. Dorme su una amaca che, quando piove, e questo succede spesso, si trasforma in una specie di coperta.  Mangiano come possono e quello che trovano: lumache, frutti selvatici, cuore di palma, uccelli e, a volte, anche piccole scimmie. Siamo alla fine di febbraio: ritrovano il Rio Grande, lo devono di nuovo attraversare e, il Che, sul diario, piangerà la morte, per annegamento, di Benjam¡n Coronado Córdova. Arrivano, l'otto marzo, a Tatarenda. Alcuni campesinos li ospitano e finalmente riescono a riposare e a mangiare qualcosa di diverso. Sono seduti a un povero ma benedetto tavolo e hanno davanti riso in bianco, carne di porco e bevono anche una buona tazza di caffè!

Continua la marcia. Il governo boliviano, l'11 marzo, sollecita l'aiuto immediato degli Stati Uniti e stabilisce il coordinamento dei servizi segreti di Argentina, Brasile, Cile, Perù e Paraguay. Alcuni uomini del gruppo che ha portato il sindacalista Moisés-Guevara disertano. Tempo dopo si saprà che uno di questi, Vincente Rocabado, lavorava per la polizia segreta e per i militari boliviani; Pastor Barrera aveva dato parecchie informazioni anche alla Cia. A proposito della Cia, si sa che in questi giorni arrivano a Camiri alcuni dei suoi ufficiali, tra cui un agente di origine cubana, che si fa chiamare Eduardo Gonzáles. Il Che chiede al giornalista Regis Debray, che era riuscito a raggiungerlo, di informare il mondo, a partire dagli intellettuali Sartre e Russel, che avevano bisogno di solidarietà, ma soprattutto di soldi e medicine.

Il 23 marzo 1967 iniziano le operazioni di guerriglia. Una pattuglia dell'esercito boliviano, in perlustrazione, cade in un'imboscata nella gola di Nancahuazu; lo scontro produce sette morti, quattordici prigionieri (che verranno liberati quasi subito, come fa di solito il Comandante) e quattro feriti, per l'esercito. I guerriglieri, che non hanno subìto perdite, si impossessano di tre mortai, sedici Mauser, due Bz, tre Uzi, due radio e vestiario. Nonostante il successo, la propaganda negativa dell'esercito boliviano continua. All'aeroporto di Santa Cruz, arriva un aereo nordamericano con quindici istruttori di antiguerriglia che avevano fatto molta esperienza in Vietnam. Al Movimento di Liberazione della Bolivia, così come è stato definito dal Che il suo gruppo, si integrano ventinove boliviani, sedici cubani e tre peruviani. Comunque il Comandante è preoccupato e annota che, ascoltando la radio, ha capito che i militari boliviani sanno quasi sempre dove sono, con estrema precisione. 

Il 10 aprile un altro distaccamento dell'esercito inviato all'inseguimento cade in un'imboscata: tre morti, un ferito e sette prigionieri tra i soldati; i guerriglieri hanno un ferito grave, el Rubio, che morirà poco dopo. L'esercito arresta quaranta contadini sospettati di appoggio alla guerriglia: alcuni di loro verranno assassinati e abbandonati nella selva.

Il 30 maggio, la colonna del Che si scontra con l'esercito nei pressi della ferrovia Yacuiba-Santa Cruz. Tre sono i soldati morti e dieci i prigionieri. A giugno il governo boliviano proclama lo stato d'assedio e nella città di La Paz viene effettuata una vasta retata di elementi appartenenti alla sinistra. A giugno, nella zona delle miniere di Catavi, i minatori assaltano e bruciano la caserma della polizia e, d'accordo con i minatori di Huanuni, dichiarano territori liberi i loro distretti.

24 giugno 1967: nella notte di San Juan, i minatori in lotta si concedono una pausa "felice": danzano, bevono chicha, generalmente si ubriacano. Avevano deciso di togliere, dal loro disperato salario, un giorno al mese per donarli alla guerriglia. In quella notte, chiamata in seguito anche "la notte della mattanza", i soldati dell'esercito boliviano hanno atteso che questi minatori fossero ben ubriachi, poi sono entrati nell'accampamento e hanno incominciato a sparare... Dopo il massacro, altri dirigenti sindacali spariscono o vengono portati al confino. La radio Argentina dà la notizia di ottantasette morti.

A Florida in quegli stessi giorni avviene un nuovo scontro tra il gruppo del Che e l'esercito: vengono feriti Pombo e Tuma che morirà poco dopo, nel corso di un intervento tentato in extremis dal Che. Muoiono anche quattro soldati. Il Comandante non sta bene e soffre di tremendi attacchi d'asma.

Il 29 giugno a Santa Cruz gli studenti dichiarano territorio libero l'Università locale; il 3 luglio Debray conferma, in un'intervista a un giornale, la presenza del Che in Bolivia; il 6 luglio i guerriglieri occupano per qualche ora la città di Samaipata, ma inizia anche la grande operazione d'accerchiamento concertata dall'esercito boliviano.

L'11 luglio finisce lo sciopero dei minatori che avevano protestato contro la strage compiuta dall'esercito boliviano sui lavoratori in lotta, la notte di San Juan. Mentre i guerriglieri sono accampati nei pressi del fiume Suspiro, avviene uno scontro con un distaccamento dell'esercito le cui perdite ammontano a due morti e sei feriti. Ma muoiono anche due guerriglieri. Pacho, un altro ribelle, è ferito anche se non gravemente. Nel combattimento perdono undici zaini con medicine, un registratore, alcuni libri tra i quali La Rivoluzione nella Rivoluzione, con note del Che, e un testo di Trotzkij. Il gruppo dei guerriglieri è formato ormai da sole ventidue persone tra le quali due feriti e un inabile, il Comandante Guevara, tormentato dall'asma, senza medicine che possano aiutarlo.

Il 19 luglio i guerriglieri arrivano in un villaggio che si chiama Moroco, nella foresta boliviana, e il Che, a proposito del comportamento degli abitanti, scrive: "Ci hanno bene accolto, ma Calixto, ossia un contadino nominato sindaco da una commissione militare passata dal villaggio un mese fa, si è mostrato freddo e non disposto a venderci alcune cosette". Come dire che tutti lo accolsero bene eccetto uno, Calixto, appunto. Più avanti: " [...] al tramonto, sono arrivati tre mercanti con dei maiali. Calixto ha assicurato che sono di Postrer Valle e che li conosce". Il giorno dopo il Che scrive che un altro contadino, Paulino, lo ha informato che i tre individui non sono, per la verità, mercanti; uno è tenente e gli altri due hanno una carica simile. L'informazione, avverte Paulino, l'ha avuta dalla figlia di Calixto che è la sua fidanzata. A questo punto, il Comandante chiede a Inti Peredo di andare ad appostarsi davanti alla casa dove è entrato il falso mercante. Poco dopo l'uomo esce: è un sottotenente di polizia. Questo, faceva la polizia: infiltrava persone che si spacciavano per commercianti nelle zone della guerriglia, a volte per poter spiare i guerriglieri altre volte per spaventare i contadini con la minaccia di bruciare i raccolti''.

Il 14 agosto del 1967 il Che annota, sul suo diario, che la radio aveva dato la notizia che l'esercito aveva scoperto alcune grotte usate dai guerriglieri e avevano così potuto prendere documenti, piantine, tantissime fotografie. 

L'editore Giangiacomo Feltrinelli viene arrestato a La Paz (qualche giorno dopo verrà espulso dal Paese); aveva preso le difese di Cuba e denunciato alcuni piani della Cia. Anche in Italia ci sono mobilitazioni a suo favore.

Mentre il generale americano Porter visita un campo di berretti verdi a Santa Cruz, una compagnia della VII divisione tende un'imboscata al gruppo di Joaqu¡n che cerca di attraversare il Rio Grande. Due guerriglieri, fatti prigionieri in uno scontro avvenuto il 12 agosto, hanno parlato, consentendo un agguato della VII divisione dell'esercito. In realtà l'imboscata è a Puerto Mauricio, sul Rio Grande. Se fosse stata detta la verità, i soldi ricavati dalla taglia sui guerriglieri, li avrebbero avuti quelli della IV divisione. Cadono nove guerriglieri, e con loro Acuña Nuñez, Joaqu¡n, e Tamara Bunke Bider, Tania. L'esercito perde un solo uomo.

A settembre e precisamente il 2, il gruppo del Che tende l'ennesima imboscata nei pressi di Valle Grande, che non riesce. Un guerrigliero muore e viene arrestata Loyola Guzmán, giovane sindacalista, che aveva aiutato la guerriglia dal punto di vista dei finanziamenti. Il Che appunta che la ragazza era giovane, soave, molto determinata. Il sindacato nazionale dei maestri proclama uno sciopero nazionale. 

Il 22 settembre c'è una conferenza stampa dei generali Barrientos e Ovando che esibiscono il materiale fotografico trovato nelle grotte e negli accampamenti dei guerriglieri, nonché i passaporti cubani; in questa occasione si afferma che il gruppo capeggiato dal Che è stato localizzato nei pressi del villaggio La Higuera a Valle Grande. Ad Alto Seco, un villaggio di cinquanta case che i guerriglieri hanno occupato, Inti Peredo tiene, nelle piccole aule della scuola, un discorso sugli obiettivi della rivoluzione. Il 26, a Picacho, il mondo contadino in festa offre ai guerriglieri un menu raro, per quei giorni: uova, piccoli funghi cucinati in salsa piccante, dolci e ancora arance e ciambelle. Alcune donne chiedono al Comandante di ballare sul ritmo delle canzoni intonate da Coco Peredo con la sua chitarra. Il Che deve dire di no; educatamente, come suo solito, si scusa, non sta molto bene. Pochi giorni dopo, sempre nella zona di Valle Grande, il suo gruppo cade in un'imboscata. Muoiono Coco Peredo e Miguel Hernández Osorio; Gutiérrez Ardaya, Benigno, è ferito. Disertano Camba e León.

La morte

Ernesto Che Guevara viene fatto prigioniero l'8 ottobre del 1967 è portato nella scuola di La Higuera in cui rimane fino al 9 mattina; venne informato dell'arresto il Presidente della Bolivia, che alle nove di sera si reca dall'ambasciatore degli Stati Uniti a La Paz e alla sua presenza telefona a Washington: la risposta fu che il Che doveva morire e subito, perché costituiva un grave pericolo per gli interessi degli Stati Uniti e della Bolivia. I motivi? L'opinione pubblica internazionale si sarebbe potuta mobilitare, gruppi di comunisti fanatici avrebbero potuto cercare di liberarlo e la Bolivia si sarebbe agitata. Era preferibile la sua morte, la sua distruzione totale. Un duro colpo per Cuba e per i movimenti rivoluzionari dell'America Latina, dissero! Decisero quindi di ucciderlo. Félix Ramos era un traditore, di origine cubana, agente della Cia, e partecipò all'uccisione del Che. I testimoni dissero che quando cercarono d'interrogare il Che usando la violenza, fu proprio lui che gli strappò parte della barba. Il Comandante, come suo solito, si ribellò; gli legarono le mani prima davanti e poi dietro, e il Che sputò in faccia proprio a Félix Ramos. In una delle foto che gli fecero prima di ucciderlo, si vede chiaramente che una parte della sua famosa barba gli era stata strappata. Gli spararono all'una e dieci del giorno 9.

Nel pomeriggio il cadavere venne trasportato a Valle Grande nell'ospedale Señor de Malta, dove gli tagliarono le mani per permettere ai periti argentini di fare le prove dattiloscopiche. Gli agenti della Cia volevano tagliargli anche la bella testa per inviarla negli Stati Uniti, ma i medici di Valle Grande si opposero e il cadavere venne dapprima esposto a Valle Grande e poi sepolto in un luogo segreto, in una fossa comune, nei pressi dell'aeroporto di quella città.

Nel ventesimo anniversario della sua morte i giovani boliviani gli hanno fatto omaggio a La Higuera e hanno scoperto un busto alla sua memoria. Fra di loro c'era anche il figlio del militare che dirigeva la compagnia che aveva catturato il Che. Nel luogo dove l'avevano barbaramente ucciso, dentro e fuori dalla scuola, i contadini hanno collocato anche alcune pietre su cui accendono candele e mettono fiori. Nell'ospedale, uno dei lavoratori più anziani aveva conservato tutti gli strumenti con cui avevano fatto l'autopsia al Che: alcuni di questi oggetti si trovano oggi nel museo di Santa Clara a lui dedicato, e altri nel museo della Rivoluzione a La Habana.
I boliviani hanno donato  ai cubani anche la barella con cui il Che venne portato da La Higuera a Valle Grande. La barella era stata conservata dalla stessa persona che lo aveva accolto all'ospedale.

In seguito, girò la voce che lo avessero cremato e disperse le ceneri, ma non era vero: la scomparsa del cadavere del Comandante ha accresciuto negli anni il mistero attorno alla figura del grande rivoluzionario. La località della sepoltura è rimasta sconosciuta fino a luglio del 1997, quando un gruppo di ricercatori ha identificato il cranio e alcune ossa del Comandante, sepolto in una fossa comune assieme a sette compañeros, a Valle Grande, circa 150 miglia a sud-est di Santa Cruz. Un ritrovamento reso possibile da Mario Vergas Salinas, un generale in pensione dell'esercito boliviano, che nel 1995 ha scelto di porre fine al silenzio imposto a riguardo della sepoltura del Che. E reso possibile anche grazie lalla testimonianza di Gustavo Villoldo, l'uomo che inseguì e catturò Guevara in Bolivia, e che ne ordinò la sepoltura segreta per evitare che i resti diventassero un monumento alla rivoluzione comunista cubana. 

Ritorno "a casa"

I resti del Che sono stati traslati a Cuba, più precisamente a Santa Clara: il 17 ottobre 1997 è stata una data memorabile per la città cubana, quasi un nuovo ingresso trionfale del Comandante: cori di bambini, 21 salve di cannone, picchetto d'onore e accensione di una fiamma perpetua sulla nuova tomba del Che da parte di Fidel Castro. Oltre centomila persone hanno visitato il nuovo mausoleo in cui sono conservati i resti del Comandante, nei soli primi due giorni di "ritorno a casa". Tra i visitatori più illustri, anche papa Giovanni Paolo II che, in occasione del recente e storico viaggio nell'isola caraibica, ha voluto rendere omaggio alla tomba del Che.
 

Così, dopo anni in cui si era creduto di tutto - dall'impossibilità di accettare la notizia dell'uccisione del Che, al trafugamento del suo corpo, alla cremazione dei resti, al lancio del corpo stesso da un elicottero in volo sulla foresta boliviana per evitare che fosse trovato - finalmente il Che ha avuto sepoltura certa a Santa Clara. E il mito continua.